我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，即哪些需要预构建到容器中，哪些不需要。例如：
我想在一个容器中运行一个python脚本（例如，存储在workflow_root/scripts/ www.example.com中myScript.py），并通过管道从另一个程序导入。我是否需要将python脚本构建到容器中，将其声明为输入文件，或者可以从容器中访问它（以及如何指向它）？我当前的规则如下所示：

rule myRule:
    params:
        sample = get_sample,
        basePath = sys.path[0]
    input:
        in1=get_in1,
        in2=get_in2
    output:
        out1 = "{runPath}/{sample}_read1_dcs.fq.gz",
        out2 = "{runPath}/{sample}_read2_dcs.fq.gz"
    priority: 50
    conda:
       "envs/myEnv.yaml"
    log:
        "{runPath}/logs/{sample}_myRule.log"
    shell:
        """
        set -e
        set -o pipefail
        set -x
        {{
        picard FastqToSam \
        F1={input.in1} \
        F2={input.in2} \
        O=/dev/stdout \
        SM={params.sample} \
        TMP_DIR=picardTempDir \
        SORT_ORDER=unsorted \
        | python3 {params.basePath}/scripts/myScript.py \
        --input /dev/stdin \
        --prefix {wildcards.sample}
        }} 2>&1 | tee -a {log}
        """

我想运行bwa，在那里我需要使用一个相当大的用户提供的引用。我可以这样做吗？或者我需要将该引用构建到容器中吗？（我还想使用ensemble-VEP，它有自己的相当大的引用数据库要处理）。
我想我的问题归结起来就是：Snakemake将哪些文件/位置挂载到容器中，当我编写涉及shell命令的规则时，我在哪里可以找到它们？文档似乎对此不是很清楚，如果能够在不做大量实验的情况下弄清楚这一点，那就太好了。