曾经有一个叫做agrep的工具用于模糊正则表达式匹配，但是后来被放弃了。
http://en.wikipedia.org/wiki/Agrep有一些历史和相关工具的链接。
https://github.com/Wikinaut/agrep看起来像是一个复兴的开源版本，但是我还没有测试过它。
如果做不到这一点，看看是否可以为您的发行版找到tre-agrep。

您可以使用tre-agrep并通过-E开关指定edit distance。例如，如果您有一个文件foo：

cat <<< EOF > foo
ACTGGGAAAATAAACTA
ACTAAACTA
ACTGGGTAAACTA
EOF

您可以使用最大为9的编辑距离匹配每一行，如下所示：

tre-agrep -s -9 -w ACTGGGTAAACTA foo

输出：

4:ACTGGGAAAATAAACTA
4:ACTAAACTA
0:ACTGGGTAAACTA

有一个名为fuzzysearch的Python库（我编写的），它精确地提供了所需的功能。
下面是一些应该可以工作的示例代码：

from fuzzysearch import find_near_matches

with open('path/to/file', 'r') as f:
    data = f.read()

# 1. search allowing up to 3 substitutions
matches = find_near_matches("ACTGGGTAAACTA", data, max_substitutions=3)

# 2. also allow insertions and deletions, i.e. allow an edit distance
#    a.k.a. Levenshtein distance of up to 3
matches = find_near_matches("ACTGGGTAAACTA", data, max_l_dist=3)

简短回答：没有。
详细答案：正如@JDB所说，regex天生就很精确。您可以手动添加[ATGC]这样的不匹配项，而不是在某些地方添加A，但无法只允许少量的不匹配项。我建议您编写自己的代码来解析它，或者尝试在某处找到DNA解析器。

记住GNU/Linux philosophy，特别是模块化概念，它使我们能够独立地处理小而强大的部分，我们可以聚集一堆这些小部分来创造奇迹，这就是GNU/Linux的美妙之处

cat file | fzf --filter='ACTGGGTAAACTA'

检查fzfhere：）

编辑

fzf --filter='ACTGGGTAAACTA' < file

也可以工作，因为您将file重定向到STDIN，fzf从中读取。