@laalto的回答启发我找到了最好的解决方案，谢谢！
升级到koin2.0，然后使用KoinApplication和自定义的KoinComponent创建一个隔离的koin上下文，它可以让lib模块使用koin，而不需要app模块进行任何初始化调用，仍然在ContentProvider中启动koin，整个代码如下。

// app module
class MyApplication : Application() {
    override fun onCreate() {
        super.onCreate()
        startKoin {
            androidContext(this@MyApplication)
            modules(module{
                viewModel { MainViewModel() }
            })
        }
    }
}

class MainActivity: AppCompactActivity() {
    private val viewModel: MainViewModel by viewModel()
}


// lib module
internal object MyKoinContext {
    lateinit var koinApplication: KoinApplication
}

interface MyKoinComponent : KoinComponent {
    override fun getKoin(): Koin {
        return MyKoinContext.koinApplication.koin
    }
}

class InitKoinContentProvider : ContentProvider() {
    override fun onCreate(): Boolean {
        MyKoinContext.koinApplication = koinApplication {
            androidContext(context.applicationContext)
            modules(module{
                viewModel { FooViewModel() }
            })
        }
        return true
    }
}

class FooActivity: AppCompactActivity(), MyKoinComponent {
    private val viewModel: FooViewModel by viewModel()
}

参考：https://insert-koin.io/docs/2.0/documentation/reference/index.html#_koin_context_isolation

在库模块中，使用loadKoinModules()加载特定于模块的koin modules.docs。
您需要在此之前运行startKoin()，因此内容提供程序的init顺序可能有点棘手。

要在其他项目模块上初始化额外的koin模块，并且避免重复加载问题（例如，按home键，然后返回Activity），请转到您的模块声明文件：

val myModule = module {
    single { MyRepository(get()) }
    viewModel { MyViewModel(get()) }
}

private val loadKoinModules by lazy {
    loadKoinModules(myModule)
}

fun inject() = loadKoinModules

那么根据你的观点：

override fun onCreate(savedInstanceState: Bundle?) {
    super.onCreate(savedInstanceState)
    inject()
}

TL;DR在提供覆盖之前加载的模块所提供的依赖项时，请使用override参数设置为true的single/factory方法。

single<Manager>(override = true) { TestManager() }

当我为了UI测试而试图覆盖其中一个依赖项时，我遇到了类似的问题。

startKoin {
   module {
       single { Printer() }
   }
}

然后在before测试方法中：

loadKoinModules(module {
    single<Printer> { TestPrinter() }
})

我在测试期间收到运行时异常：org.koin.core.error.DefinitionOverrideException: Already existing definition or try to override an existing one
解决方案是向Koin表明您正在故意使用single函数的**override**param来覆盖该依赖项，如下所示：

loadKoinModules(module {
    single<Printer>(override = true) { TestPrinter() }
})

按照设计，startKoin是从Application类调用的。你可以在库中提供一个参数来决定是否调用startKoin。但是我怀疑在库中包含Koin这样的东西是否是一个好的实践。如果一个应用程序已经包含Koin，但是版本不同呢？

这种方式对我来说非常有效：

@KoinExperimentalAPI 
class MainApplication : Application() {

    override fun onCreate() {
        super.onCreate()
        initKoin()
    }

    private fun initKoin() {
        startKoin {
            androidLogger()
            androidContext(this@MainApplication)
        }
        loadKoinModules(
            myFeatureModule
        )
    }
}

并像往常一样在特性中定义模块：

val myFeatureModule = module {
    factory<...> { ...() }

    single { ...() }

    viewModel { ...(get() }
}