这个问题是在2013年提出的，所以我不知道当时Httrack是否支持Cookie，但现在它肯定支持。
说明：
1.使用Firefox或Chrome浏览器登录您的网站，然后查看登录cookie。
1.在您下载网站的Httrack文件夹中，应该有一个名为cookies.txt的文件，如果没有，请创建一个。
1.将cookie信息从浏览器复制到此文件。您可能还需要将用户代理从浏览器复制到Httrack配置。

• 如果你不知道怎么看你的饼干，很简单...

您可以安装Get cookies.txt这样的扩展来导出cookie，也可以使用开发者工具，如下所示：
火狐浏览器：F12 -> Storage -> Cookies
chrome ：F12 -> Application -> Storage -> Cookies
适用于Httrack的cookie.txt示例：
(We必须使用制表符而不是空格。StackOverflow正在自动将制表符转换为空格...）

www.httrack.com TRUE    /       FALSE   1999999999  foo bar
www.example.com TRUE    /folder FALSE   1999999999  JSESSIONID  xxx1234
www.example.com TRUE    /hello  FALSE   1999999999  JSESSIONID  yyy1234

参考：http://httrack.kauler.com/help/Cookies

尝试在PHP中使用cURL：
http://php.net/manual/en/book.curl.php
有一些 Package 器，例如：
http://semlabs.co.uk/journal/object-oriented-curl-class-with-multi-threading
使用以下选项：

编辑：更具体，未测试

从以下位置下载该类：
http://semlabs.co.uk/journal/object-oriented-curl-class-with-multi-threading

require_once( 'CURL.php' ); //Change this to whatever that class is called in the above
$curl = new CURL();  
$curl->retry = 2;  
    $opts = array(
    CURLOPT_USERAGENT => 'Mozilla/5.0 (X11; U; Linux x86_64; en-US; rv:1.9.1.3) Gecko/20091020 Linux Mint/8 (Helena) Firefox/3.5.3',
    CURLOPT_COOKIEFILE  => 'fb.tmp',
    CURLOPT_COOKIEJAR   => 'fb.tmp',
    CURLOPT_FOLLOWLOCATION  => 1,
    CURLOPT_RETURNTRANSFER  => 1,
    CURLOPT_SSL_VERIFYHOST  => 0,
    CURLOPT_SSL_VERIFYPEER  => 0,
    CURLOPT_TIMEOUT     => 20
);
$post_data = array(  ); //put your login POST data here
$opts[CURLOPT_POSTFIELDS] = http_build_query( $post_data );
$curl->addSession( 'https://www.facebook.com/messages', $opts );  
$result = $curl->exec();  
$curl->clear();
print_r( $result );

请注意，有时候你需要先加载一个页面，设置一个cookie，然后他们才会让你登录。