删除onClick属性并使用jQuery设置click事件处理程序。
然后设置 * 标记 *（testing）以确定click是否实际上是使用鼠标或函数执行的：

var testing = false;

$('#endtest5').click(function(){
    if(!testing){
        return confirm('Are you sure you want to continue');
    }
    testing = false;
});

var dur = $ {
    Schedule.duration
};
dur = dur * 60 * 1000;
setTimeout(function () {
    testing = true;
    $('#endtest5').click();
}, +dur);

.trigger()始终将isTrigger属性添加到事件对象。
您可以测试此属性，以检查事件是否由另一个jQuery函数触发（例如，您的计时器）。
如果你需要阻止提交，你可以使用event.preventDefault()测试confirm返回值。

//
// Remove the onclick inline event handler if you cannot do it by hand
//
$('#endtest5').removeAttr('onclick');


$('#endtest5').on('click', function(e) {
    if (e.isTrigger !== undefined) {
        // if timer triggers this event do nothing
        return;
    }
    var retVal = confirm('Are you sure you want to continue');
    // if cancel....no submit
    if (retVal == false) {
        e.preventDefault();
    }
})


//
// simulate a timer click: nothing will happen...
//
$('#endtest5').click();

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>


<input align="left" type="submit" name="end" value="End Test" id="endtest5" class="myButton" onclick="return confirm('Are you sure you want to continue')"/>

将确认移动到函数，并创建一个变量来检查测试是否完成或结束，然后在运行确认之前检查该变量。