css Snakemake报告-旧样式和/或自定义样式?

4zcjmb1e  于 2023-01-27  发布在  其他
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我尝试使用自动化的snakemake --report功能包含Snakemake(7.18.2)工作流的报告。但是,我发现此报告的样式非常笨拙。例如:登录页面上的线性化规则,以及在各种侧边栏菜单/按钮中包含所有报告的数据。这一切对我来说都有点令人费解,因为Snakemake以前的版本似乎有更具可读性的自动报告。
例如:

  • Snakemake 7.x.x样式(当前,有点难以阅读):www.example.comhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/_downloads/b10d83889c3905e7b7557a62144a51ca/report.html#
  • Snakemake 5.14.0样式(旧,易于阅读):https://koesterlab.github.io/resources/report.html

我搜索了各种snakemake repos,我不认为我遗漏了额外的格式化代码--这两个代码似乎都是用vanilla snakemake --report生成的。
此外,文档中描述的custom.css参数似乎对Snakemake 7.18.2没有任何作用。

    • 我的问题是**

有没有什么方法可以在reports中使用旧的样式,或者更好的方法是定制布局?我只是对css和html的基础知识有一点模糊的了解,所以我不确定我将如何开始修改或注入我自己的样式。

vfhzx4xs

vfhzx4xs1#

我同意您的看法,这种新样式很笨拙,很难阅读。我的解决方法是使用R Markdown创建一个自定义报表--您也可以使用Jupyter和/或夸托。不幸的是,手动重新创建原始Snakemake报表的所有细节(如具有作业属性的表)将花费大量精力。
至于线性规则图,这似乎是一个bug:https://github.com/snakemake/snakemake/issues/1938
编辑:刚刚意识到你评论了这个问题,所以你已经意识到这是一个bug。把链接留给其他人。

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