r：filter_at或filter_all满足两个条件的字符串，然后是pivot_longger

izj3ouym 于 2023-01-28 发布在其他

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我有一个非常大的数据框，记录了多次随访时MRI扫描的肿瘤大小。
假设我有p：

id debut_extramea_xy_dimension_MR fu1_extramea_xy_dimension_MR fu2_extramea_xy_dimension_MR fu3_extramea_xy_dimension_MR
1 134                          14x14                        14x14                    12.5x10.5                    12.5x10.5
2 434                   24 x 19 x 13                      24 x 17                      24 x 17                      21 x 16
3 437                        40 x 30                   20 x 20 mm                      20 x 20                      25 x 18
4 440                        26 x 24                      26 x 24                      26 x 24                      26 x 24
5 498                         13x6.4                     14.8x8.7                    19.4x12.3                    21.7x13.5

如图所示，数据记录了肿瘤的二维“xy”轴数据，但存在两个问题：

**（1）**登记数据的人员无意中记录了一些患者的三维，“xyz”轴。这在p$debut_extramea_xy_dimension_MR的第2行中得到证明，对应于p$id == 434

以及

**（2）**在某些情况下，测量单位被意外记录，例如p$fu1_extramea_xy_dimension_MR第3行中的“mm”，对应于p$id == 437

我需要filter和pivot_longer，以便获得包含三列的 Dataframe ：（1）id，（2）在什么后续行动和（3）什么错误。我需要进入数据库手动更改这一点，所以这些信息将是一个很大的帮助。

预期产出

id  name        value
1 434 debut 24 x 19 x 13
2 437   fu1   20 x 20 mm

数据

p <- structure(list(id = c(134L, 434L, 437L, 440L, 498L), debut_extramea_xy_dimension_MR = c("14x14", 
                                                                                    "24 x 19 x 13", "40 x 30", "26 x 24", "13x6.4"), fu1_extramea_xy_dimension_MR = c("14x14", 
                                                                                                                                                                  "24 x 17", "20 x 20 mm", "26 x 24", "14.8x8.7"), fu2_extramea_xy_dimension_MR = c("12.5x10.5", 
                                                                                                                                                                                                                                                 "24 x 17", "20 x 20", "26 x 24", "19.4x12.3"), fu3_extramea_xy_dimension_MR = c("12.5x10.5", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 "21 x 16", "25 x 18", "26 x 24", "21.7x13.5")), row.names = c(NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -5L), class = "data.frame")

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/75233000/r-filter-at-or-filter-all-strings-that-meets-two-conditions-and-then-pivot-long

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按热度按时间

3htmauhk1#

这里有一个解决方案

library(tidyverse)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -5L), class = "data.frame")
p %>%
  filter(if_any(- id, ~ str_detect(., rgx <<- "x.*x|mm"))) %>% 
  pivot_longer(-id) %>% 
  filter(str_detect(value, rgx)) %>% 
  mutate(name = str_remove(name, "_extramea_xy_dimension_MR"))

# A tibble: 2 × 3
     id name  value       
  <int> <chr> <chr>       
1   434 debut 24 x 19 x 13
2   437 fu1   20 x 20 mm

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