试试这个：

df$eqn2 <- Reduce(function(prev, this) gsub(paste0("\\b", num_names[this], "\\b"), num_values[this], prev),
                  seq_along(num_names), init = df$equation)
df$eqn2 <- sapply(df$eqn2, function(eq) if (grepl("[A-Za-z_]", eq)) eq else eval(parse(text = eq)))
df$eqn2 <- gsub("(\\b1\\*|\\*1\\b)", "", df$eqn2)
df
#   id           equation    eqn2
# 1  1        2*x_a*num_a   2*x_a
# 2  2 num_a*(num_aa+1)^2       9
# 3  3  num_aaa+num_b*x_b 3+4*x_b

不是最优雅的，但它在这里工作得很好。
完美地用符号方式执行此操作的一个问题是，有些对象存在（由num_*变量引用，而不是真正的符号查找的首选格式），有些则不存在。我不知道有什么方法可以只计算部分方程而不遇到"未找到"错误。

我们使用polynom包将字符串转换为多项式类对象，然后转换为字符串。e是转换为R表达式的方程，L是变量值的列表，变量名为变量名。我们还包括polynomial()，变量名保存在xname中（这是e或dummy中唯一未定义的变量，如果没有）转换为L。然后根据L计算e，并将其转换为字符。polynomial总是得到名称x，所以在最后我们用xname替换x。

library(polynom)

transform(df, equation = sapply(equation, function(ch) {
   e <- str2lang(ch)
   L <- c(list(polynomial()), as.list(num_values))
   xname <- setdiff(all.vars(e), num_names)
   if (length(xname) == 0) xname <- "dummy"
   names(L) <- c(xname, num_names)
   gsub("x", xname, as.character(eval(e, L)))
}))

给予

id  equation
1  1     2*x_a
2  2         9
3  3 3 + 4*x_b