如何在R中安装topicmodels包?

q43xntqr  于 2023-02-01  发布在  其他
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我尝试在R中安装名为topicmodels的软件包,但没有成功。以下是我尝试的方法...
操作:使用install.packages("topicmodels")安装程序包
结果:

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

我说好吧,我们从源代码安装
操作:install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")
结果:

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

所以后来我研究了这个GSL的东西,发现了this link。当时我以为我所有的问题都解决了,当我最终按照这些方向操作时。我得到了下面的错误(在终端中)...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’
dced5bon

dced5bon1#

首先你必须安装gsl。一旦你安装了它,你可以尝试安装R包。你可以从here下载gsl(在那里你可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz)。一旦下载完成,通过以下操作安装它:
1.解压缩下载的文件(在我的情况下,"最新"文件包含此版本:gsl-1.16
1.打开"终端"
1.然后(使用终端),移动到您在步骤1中创建的文件夹中。在我的情况下,我有一个名为"下载"的文件夹中的文件,所以我移动到新创建的文件夹,方法是:

cd Downloads/gsl-1.16

1.进入该文件夹后,运行以下命令(按顺序):

./configure
make
sudo make install

1.这样做后,你不会得到以前的错误说fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found,所以你可以再试一次安装.
1.现在返回R环境(例如RStudio),通过执行以下操作再次尝试安装软件包:

install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").

我也遇到了同样的问题,在这样做之后我正确地安装了R包,我希望它在你的情况下也能工作。

i1icjdpr

i1icjdpr2#

如果你已经在使用自制程序,用变量来修复比从源代码手动安装gsl更好更快。
1.使用自制brew install gsl安装gsl
1.编辑~/.R/Makevars并添加。
程序包库=-L/用户名/本地/选项/获取文本/库
CFLAGS=-I/用户/本地/选项/gsl/包含
LDFLAGS=-L/用户名/本地/选项/gsl/库-lgsl -lgslcblas

kcugc4gi

kcugc4gi3#

如果您使用的是基于Debian的Linux,这就是我的解决方案:
1.使用终端运行sudo apt install gsl-bin libgsl-dbg libgsl-dev libgsl25 libgslcblas0;
1.然后,使用R控制台运行install.packages("topicmodels",dependencies =T);
好好享受吧!!

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