我已经使用了RUVSeq R软件包中的RUVr()来校正数据中的批次，现在我想使用校正后的表格来计算TPM。是否可以使用normCounts()提取TPM的批校正数据？
RUVr()
normCounts()
irlmq6kh1#
RUVSeq包中的normCounts函数不是提取批量校正的数据，而是设计用于归一化读取计数。每个样本的归一化因子可以通过calcNormFactors函数获得，然后您可以使用该函数计算数据的TPM（每百万个转录）值。
library(RUVSeq) # Your batch-corrected data bc_data <- # ... # Obtain normalization factors factors <- calcNormFactors(bc_data) # Calculate TPM values tpm_values <- tpm(bc_data, factors)
1条答案
按热度按时间irlmq6kh1#
RUVSeq包中的normCounts函数不是提取批量校正的数据，而是设计用于归一化读取计数。
每个样本的归一化因子可以通过calcNormFactors函数获得，然后您可以使用该函数计算数据的TPM（每百万个转录）值。