使用str.replace：

target = 'hi|love'

m = df['sequence'].str.contains(target)

df.loc[m, 'output'] = (df.loc[m, 'sequence']
                         .str.replace(fr'.*({target}).*',
                                      lambda m: f'{m.start(1)+1},{m.group(1)}',
                                      regex=True)
                       )

df.loc[~m, 'output'] = 'NA'

输出：

sequence  output
0   HelloWorld      NO
1    worldofhi    8,hi
2  worldoflove  8,love

使用的输入：

sequence
0   HelloWorld
1    worldofhi
2  worldoflove

仅在子字符串7：10中检查

target = 'hi|love'

s = df['sequence'].str[7:10+1]

m = s.str.contains(target)

df.loc[m, 'output'] = (s[m]
                         .str.replace(fr'.*({target}).*',
                                      lambda m: f'{m.start(1)+7+1},{m.group(1)}',
                                      regex=True)
                       )

df.loc[~m, 'output'] = 'NA'