我还没能找到一种直接将列表传递到Docopt参数字典的方法，但是，我找到了一种解决方案，它允许我将一个字符串传递到Docopt，然后将该字符串转换为列表。
您的Docopt __doc__存在一些问题，我修改了它们，以便能够针对您的情况测试解决方案。
在命令行中：

python3 gitHubTest.py a,b,c -e 'e,f,g'

在gitHubTest.py中：

"""
aTXT tool

Usage:
  aTXT.py [options] (<source>)

Options:
  -e ext, --extension=ext    message

"""
from docopt import docopt

def main(args) :
    if args['--extension'] != None:
        extensions = args['--extension'].rsplit(sep=',')
        print (extensions)

if __name__ == '__main__':
    args = docopt(__doc__, version='1.00')
    print (args)
    main(args)

它返回：

{
'--extension': 'e,f,g',
'<source>': 'a,b,c'
}
['e', 'f', 'g']

在main()中创建的变量extensions现在就是您希望传入的列表。