我正在尝试在Windows 10上安装pygraphviz。网上有很多解决这个问题的方法,但还没有一个适合我。我遇到的确切问题是通过jupyter笔记本--〉
[1] import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
[2]G = nx.DiGraph()
G.add_node(1,level=1)
G.add_node(2,level=2)
G.add_node(3,level=2)
G.add_node(4,level=3)
G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,4)
nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
node_color=range(len(G)),
prog='dot')
plt.show()
在[2]之后,我收到以下错误:
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py
in
pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
254 try:
--> 255 import pygraphviz
256 except ImportError:
ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz'
以及
ImportError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-86a15892f0f0> in <module>()
9 G.add_edge(2,4)
10
---> 11 nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
12 node_color=range(len(G)),
13 prog='dot')
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in graphviz_layout(G, prog, root, args)
226
227 """
--> 228 return pygraphviz_layout(G,prog=prog,root=root,args=args)
229
230 def pygraphviz_layout(G,prog='neato',root=None, args=''):
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
256 except ImportError:
257 raise ImportError('requires pygraphviz ',
--> 258 'http://pygraphviz.github.io/')
259 if root is not None:
260 args+="-Groot=%s"%root
ImportError: ('requires pygraphviz ', 'http://pygraphviz.github.io/')
"这是我试图解决的问题"
(1)常规管道安装:“pip install pyraphviz”这是我在最后得到的错误。* 编辑 * 即使我以管理员身份运行cmd,我也得到同样的错误。
Command "C:\Users\name\Anaconda3\python.exe -u -c "import setuptools,
tokenize;__file__='C:\\Users\\name~1\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-
n81lykqs\\pygraphviz\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)
(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code,
__file__, 'exec'))" install --record C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
b3jz1lk5-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --
compile" failed with error code 1 in C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
build-n81lykqs\pygraphviz\
(2)下载并安装graphviz-2.38.msi,然后下载两个64位版本的wheel,这就是结果。
C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this
platform.
C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this
platform.
我想尝试,但不确定如何正确操作:
编辑setup.py。我读过很多关于人们在改变路径时寻找解决方案的文章,但我真的不知道如何做到这一点。这个方法看起来非常复杂。
谢谢你的任何帮助/见解!
4条答案
按热度按时间pw9qyyiw1#
更新了 * repo : * [GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/PyGraphviz/v1.5**:
**. whl * s( win_amd64 , win32 )适用于当前支持的 * Python * 版本
对于 * Python 2.7 *,它们已经构建:[UCI. LFD]:Python扩展包的非官方Windows二进制文件-PyGraphviz,Graphviz图形布局和可视化包的接口。
更新:我还在上述存储库中添加了 * Graphviz 2.42.2 * 构建版本(* PC032 *-因为它可以在 * PC064 * 和 * PC032Win * 上运行)
任何想了解构建过程更多细节的人,请继续阅读!
1.简介
差不多2年过去了,这个问题(嗯,不完全像问题中的那样)仍然存在。
首先,我想强调一下这两种软件包之间的区别:
在 * Anaconda * 环境中,[SO]: Installing PyGraphviz on Windows 10 64-bit, Python 3.6 (@TomHanks's answer)工作完美。
关于名称中包含***cp34-none-win_amd64**这样的内容的包(. whl * s)的几句话(查看[SO]: What does version name 'cp27' or 'cp35' mean in Python? (@WayneWerner's answer)了解详细信息):
现在,许多软件包都为运行在各种 * OS * 上的最常见 * Python * 版本预先构建了二进制文件(例如[PyPI]:mysql-connector-python-download files),但也有很多没有,而且这些文件只包含源代码。不幸的是,* PyGraphviz * 属于第二类。对于后者,
pip install
将:作为旁注:* *
pip -v ...
为当前命令启用了 * verbose * 模式,这在遇到安装错误时非常方便**。回到我们的问题:* Python 3.6 * 需要 * VStudio2015*([Python.Wiki]: WindowsCompilers)。
这是一个非常广阔的主题,我涵盖了一些部分:
我已经安装了 * VStudio 2015 Community *(以及许多其他版本),您也应该安装它,它是免费的([MS.VStudio]: Still want an older version?)。
在继续之前:
这是我的*顶级目录***,任何源代码都下载到 * src目录 *,二进制文件将放置在 * bin**目录 *。
2.构建版本 * 图形可视化 *
在开始之前,我想提一下我非常依赖Cygwin(您不必这样做,还有其他变体(* MSYS2 *)),并且我的一些工具安装在那里,所以我将在 * Cygwin * 和 * Cmd * 终端之间交替使用(这可能会引起混淆)。
[Graphviz]: Graphviz Build Instructions for Windows声明:
对于在Windows上构建:
首先,在仓库的根目录下,执行git子模块update--init,这将下载所有的子模块,这些子模块主要是Windows构建的依赖项,接下来,将windows\dependencies\graphviz-build-utilities目录添加到PATH中(并重新启动VisualStudio或在此之后执行msbuild时使用的提示符)。此文件夹包含工具Bison、Flex和SED(以及未来的补充),带有经过测试的版本。如果一切顺利,依赖项现在已经设置好了,你可以构建Graphviz了。
首先,我们需要下载所有内容:
最后你会得到一个 * dir * 文件,其中包含了*~320 MiB * 的内容,* dir * 文件包含了一个 * graphviz. sln * 文件,这是一个 * VStudio(2015)* 解决方案文件,其中包含了***63个***项目。
看看 * Anaconda * 或 * Python 2.7PyGraphviz*(内置)包,它只依赖于cgraph. dll**,而后者又依赖于cdt. dll***,因此只有这两个项目与我们相关。注意,这两个项目可能不需要所有的 * Git * 子模块(因此 * dir * 可能会被删减),但我没有进一步研究。
遗憾的是,这些项目只配置了 * 032bit ( Win32 * 平台( pc032 ))。 064bit * 必须是手动添加的**(我是从 * VStudio IDE * 中添加的-并且在我参考的一个答案中也描述了这个过程)。保存项目后,它们会显示为被 * Git * 修改过:
第三项是因为我需要重置2个可执行文件的一些安全权限(在构建 * cgraph * 时使用):
未正确设置(很可能是因为 * Cygwin *)。
您可以从 * IDE * 构建这两个项目,但我选择了命令行([MS.Docs]: MSBuild command-line reference),因为我发现它更灵活:
因此,我们拥有继续运行所需的一切(2 *. lib * 和2 *. dll * 文件)。
3.构建版本 * PyGraphviz *
还需要对 * Graphviz * 进行一次调整(可能是作为另一个项目的一部分完成的-一个 * 安装 * 步骤):准备头文件:
不幸的是,* PyGraphviz*没有构建 * OOTB *,因为[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - Python 3 support。要解决这个问题,必须应用[GitHub]: eendebakpt/pygraphviz - Workaround for PyIOBase_Type for Python2 on win。我修改了它以使用当前的源代码(因为它不工作 * OOTB *,以及:X()for * graphviz_wrap. cpp * only:
这是一个 * diff ( patch )。请参阅[SO]: Run/Debug a Django application's UnitTests from the mouse right click context menu in PyCharm Community Edition? (@CristiFati's answer)(Patching * UTRunner部分)了解如何在 * Win * 上应用补丁(基本上,以**one "+"符号开头的每一行都将进入,以one "-"**符号开头的每一行都将退出)。
如图所示,模块已成功导入。
注意,在导入模块时,2个 . dll * 依赖项(来自上一节)必须可用,因此它们的 * dir * 被添加到 * %PATH % 中。
当然,这只是一个(蹩脚的)变通办法(* gainarie ),这不应该发生在每次必须使用软件包的时候。
我不知道(还)如何指示 * setup. py * 在build/install * dir * 包中复制它们,所以作为一种替代方法(也是变通方法),必须手动将它们复制到 * PyGraphviz * install * dir (在 _graphviz.cp36-win_amd64.pyd旁边,在我的例子中是: "e:\工作\开发\虚拟环境\py_064_03. 06. 08_测试0\库\站点软件包\pyraphviz")。
4.快捷方式
由于整个过程非常复杂,需要大量的手动干预和修改,我设法构建了(. whl )包(对 * setup. py * 进行了少量修改)。
我不知道一个简单的方法来使它公开,所以(虽然这可能不是最佳实践,)我上传到[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/PyGraphviz/v1.5/pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl**。
您可以本地下载它(* 例如 * in***C:\Path\to\downloaded***),然后安装它,如下所示(这是一种方法,请检查[SO]: How to install a package for a specific Python version on Windows 10? (@CristiFati's answer)以获取替代方法):
上面的 . whl * 位于其他几个 . whl * 的旁边,它们适用于不同的 * Python * 版本(当 . whl * 包含 . dll * s(. pyd * s)或 . so * s时会发生这种情况(在 * Nix * 上)链接到特定的 * Python * 库)。要匹配您的 * Python * 版本,请在 . whl * 名称中搜索cp${PYTHON_VERSION_MAJOR} ${PYTHON_VERSION_MINOR}。在目前的情况下,对应于 * Python3.6的是 * cp36,但是同样的原理也适用于其他 * Python * 版本( cp37 , cp38 , cp39 , cp310 , cp311 ,......)。
架构也是如此( win_amd64 / win32 ( x86_64 / i686 * 在 * Nix * 上))。
wmomyfyw2#
投票最多的答案似乎是安装graphviz,而不是pygraphviz。
如果您使用的是conda环境,可以尝试使用以下通道:
conda install graphviz pygraphviz -c alubbock
我用
networkx 2.1
试过了,效果很好。h22fl7wq3#
以下是对我有效的方法:
Win 7 AMD64
C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin
添加到PATH环境变量中。conda create --name digraphs python=3.4 anaconda
.activate digraphs
.pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl
.python ./gviz_simple.py
.deactivate
我在github上放了一些东西。它很乱,使用风险自担:https://github.com/darkhipo/Easy-Digraph-Draw
owfi6suc4#
在Windows 10 64位和Python 3.6上解决了这个问题。
1.从graphiviz站点下载Graphviz for windows。
1.在Windows路径中添加Graphviz bin路径
C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin
。1.* * 关闭并重新打开终端,以便识别路径更改。**
1.下载graphviz python 3.6 wheel。
1.安装graphviz滚轮。
pip install graphviz-0.8.3-py2.py3-none-any.whl
1.成交!