我在使用clang-tidy编译一个GCC项目时遇到了同样的问题。两个编译器有不同的识别标志集。我的compile_commands.json是由intercept-build生成的，它包含了许多clang-tidy不理解的GCC使用的选项。
我通过一个有点笨拙的解决方案解决了这个问题，即在启动静态分析之前编辑编译数据库。
我的脚本包含许多类似于以下内容的Sed行：

sed -i -E 's#-fconserve-stack##g' compile_commands.json
sed -i -E 's#-maccumulate-outgoing-args##g' compile_commands.json
sed -i -E 's#-mindirect-branch-register##g' compile_commands.json
sed -i -E 's#-mindirect-branch=thunk-extern##g' compile_commands.json
sed -i -E 's#-mpreferred-stack-boundary=3##g' compile_commands.json
sed -i -E 's#-mfunction-return=thunk-extern##g' compile_commands.json

这样，不支持的标志对于clang-tidy来说是不可见的，这使得可以无错误地工作。