尝试使用R将值从栅格图层提取到每个shapefile时出错

yks3o0rb 于 2023-02-06 发布在其他

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我试图从一个光栅图层提取值到一个shapefile图层，但这个过程是非常耗时的，但2小时没有我得到任何结果。一般来说，考虑到多边形和光栅的大小，这个过程应该不会超过两个2分钟的情况下，我已经做了。
我得到的信息是：no loop for break/next, jumping to top level
我的代码是：

library(sf)
library(raster)

#shapefile geometry
shp <- sf::st_read("/vsicurl/http://wesleysc352.github.io/seg_s3_r3_m10_fix_estat_amost_val.shp")

#raster geotiff
raster3<-raster::raster("http://wesleysc352.github.io/1final.tif")

#extract values
ext1<-raster::extract(raster3, shp)

OBS编辑：可复制示例的链接：
形状https://github.com/wesleysc352/wesleysc352.github.io/raw/master/seg_s3_r3_m10_fix_estat_amost_val.zip
光栅https://github.com/wesleysc352/wesleysc352.github.io/raw/master/1final.tif

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/75353841/error-when-trying-to-extract-values-from-a-raster-layer-to-each-shapefile-using

1条答案

按热度按时间

roejwanj1#

使用exactextractr包中的exact_extract。这需要5秒钟：

> system.time({ext1<-exact_extract(raster3, shp)})
  |======================================================================| 100%
   user  system elapsed 
  4.805   0.296   5.103

它给出了像素数和分数覆盖率的 Dataframe 列表：

> head(ext1[[1]])
  value coverage_fraction
1     4              0.25
2     4              0.50
3     4              0.50
4     4              0.25
5     4              0.25
6     4              0.75
> head(ext1[[2]])
  value coverage_fraction
1     4              0.25
2     4              0.50
3     4              0.25
4     4              0.50
5     4              1.00
6     4              0.50
[etc]

这比extract给你的要多（只是像素值的列表）。
为什么它很慢？不知道，不能真正看到点找出exactextractr何时存在。如果你想知道，尝试你的多边形子集。例如，前十行：

> system.time({ext10<-extract(raster3, shp[1:10,])})
   user  system elapsed 
  2.549   0.029   2.574

2.57秒，外推至：

> nrow(shp)
[1] 2308
> 2.5*2308/10
[1] 577

577秒。如果10分钟后整套程序还在运行，我会把它分成几部分，看看是否有一个几何形状不好的奇怪多边形把它搞得一团糟。但在这段时间里，你可以跑exact_extract大约200次，打一轮高尔夫球/钓鱼/从事你选择的愉快休闲活动。

赞(0）回复(0）举报 2023-02-06

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