如果您更改core.autocrlf配置变量（如果我正确理解了您的问题），则可能会发生这种情况。
如果您处于clean状态，即刚刚提交之后，并且没有未提交的更改，强制重新 checkout 和删除索引应该可以达到目的：
下面的命令git reset --hard HEAD将使当前分支指向最近的提交，所有未提交的代码将丢失。请确保提交代码或进行备份

$ rm .git/index
$ git reset --hard HEAD

我认为，这将同步工作区文件和索引（临时区域）以遵循crlf设置。

我在创建新的Xcode项目时遇到了这个问题。我对这个问题的解决方案：
在终端写入中

git config --global --edit

然后在git配置文件中将 safecrlf 更改为 false。

[core]
    autocrlf = input
    safecrlf = false

我知道git有命令行工具，但我用不了。然后Xcode创建git repos没有任何问题。

我唯一能想到的是检查core.safecrlf是否设置为warn。
git config --get core.safecrlf
我 * 认为 * 可能的值是true、false和warn。我相信设置为false将解决警告问题，尽管这可能不是一个好主意。

你可以像这样从索引中删除并重新 checkout 有问题的文件：

rm <files>
git checkout -- <files>

或者，如果它们是唯一修改的文件（使用此命令时要小心），您可以编写如下脚本：

git diff --name-only --diff-filter=M | xargs rm --
git checkout -- .

在GNU系统上，你可以使用稍微安全一点的管道，但是在任何情况下，你的文件名中似乎都没有空格或其他分隔字符。

git diff -z --name-only --diff-filter=M | xargs -0 rm --

试试这个，对我很有效：

cd src/au/policy/dao
dos2unix

如果该文件夹中还有其他文件，那么您需要将其拆分为以下几个部分（否则，它会尝试对任何子目录中的每个文件进行拆分，这可能需要一段时间）：

cd src/au/policy/dao
dos2unix EmailQueue.java
dos2unix EmailQueueFactory.java
dos2unix PolicyPublisher.java

它在我的机器上运行得非常快，修复了所有的行尾，它比其他一些修复更简单。

请注意，上述所有修复可能对您有效，例如，您可能通过简单的文件传输收到代码。您可以按Enter键接受每个警告，但在大型repos上可能需要很长时间。另一种忽略已 checkout 和编辑代码转换的方法是创建一个修补文件：

git diff > changes.patch

在我的示例中，将autocrlf变量设置为true后，运行

git stash

然后

git stash pop

所有东西都清理干净了