您正在比较数组偏移量，而不是这些偏移量处的值。
这个

if(i==j)

应该是

if(duplicateArray[i]== duplicateArray[j])

也就是说，你的算法效率很低，至少，一旦检测到重复，你应该中断循环，最简单的方法是立即return true（这样你就不需要same变量了。
一个更有效的方法是对数组进行排序，然后将每个索引与前一个索引进行比较，这样最坏情况下的复杂度是O（nlogn），而不是O（n^2）。

所以，在代码中

if (i==j) {
   same = true;
}

你比较的是归纳，而不是值。你必须跳过比较同一索引的值，如下所示：

if (i==j) {
   continue;
}

if (duplicateArray[i] == duplicateArray[j]) {
    same = true;
    break;
}

正如其他人所说，代码中的问题是比较索引（i and j）而不是值（duplicateArray[i] and duplicateArray[j]）。
因此，改变

if (i == j)

到

if (duplicateArray[i] == duplicateArray[j])

应该能解决你的问题。
但是，为了改进您的解决方案（当前是O(n^2)算法，因为您有两个嵌套循环遍历整个数组），这里有几个方法：
1.找到两个相等元素时返回true：
基本上，而不是

same = true;

你就可以

return true;

因为你不关心数组的其他部分你已经找到一对了。
尽管这并没有改善渐进运行时复杂性，但它会通过提前终止来加快代码的速度。
1.预先对数组排序，然后比较相邻元素：
我们可以使用Arrays.sort(duplicateArray);来对数字进行升序排序，只需要O(n log n)的时间，现在，我们保证相等的元素彼此相邻，这意味着我们可以在O(n)的时间之后找到答案。
代码如下所示（收到输入后）：

Arrays.sort(duplicateArray);
for (int i = 1; i < duplicateArray.length; i++) {
  if (duplicateArray[i] == duplicateArray[i - 1]) {
    return true;
  }
}
return false;

这将运行时复杂性降低到O(n log n)
1.使用HashSet：
HashSet s有一个.contains()方法，该方法在预期的O(1)时间内运行。因此，如果我们将每个已遍历到HashSet中的数字相加，则可以在恒定时间内检查是否相等。因此，遍历数组需要O(n)时间，因此我们可以改进O(n log n)解决方案。
代码如下所示（同样在输入之后）：

Set<Integer> set = new HashSet<>();
for (int i = 0; i < duplicateArray.length; i++) {
  if (set.contains(duplicateArray[i])) {
    return true;
  }
  set.add(duplicateArray[i]);
}
return false;

唯一的问题是HashSet会占用额外的空间。