这个对我来说很好用

String ans = "";
String a = "abcdefghij";
for(int i = 1; i<=a.length(); i++) {
    if(i%3==0) {
        ans += "X";
    } else {
        ans += a.charAt(i-1);
    }
}
System.out.println(ans);

字符串连接不是最佳工作，因为字符串在循环的每一步都被复制，考虑使用StringBuilder。
要解决您的问题，只需迭代输入字符串的每个字符，并将每个字符复制到输出字符串构建器，除了每隔一个字符（索引i满足等式i % 3 == 2的字符）。
你会得到这样的结果：

String input = "abcdefghijk";
StringBuilder output = new StringBuilder();
for (int i = 0; i < input.length(); i++) {
    if (i % 3 == 2) {
        output.append("X");
    } else {
        output.append(input.charAt(i));
    }
}
String ans = output.toString();

正则表达式更简单、使用时间更短：

String a     = "abcabcabcab";
String regex = "(..)(.)";
String ans   = a.replaceAll(regex,"$1X");

字符串不应该在循环中使用“+”连接。如果你想坚持这种方法，你应该只迭代到小于你输入长度的最大的3的倍数。如果你的输入长度不是3的倍数，你还需要在循环后追加可能没有追加的字符：

String a = "abcabcabcab";
String ans = "";

for (int j = 0; j < a.length() / 3 * 3; j += 3) {
    ans += a.substring(j, j+2) + 'X';
}

ans += a.substring(ans.length());

public static String replaceEvery3rdChar(String input) 
{
     StringBuilder result = new StringBuilder();
     for (int i = 0; i < input.length(); i++) 
     {
        if ((i + 1) % 3 == 0)
        {
          result.append("X");
        } 
        else
        {
          result.append(input.charAt(i));
        }
     }
     return result.toString();
  }