经过一番研究，我发现以下步骤：
对于客户端密钥库：

openssl pkcs12 -export -out client.pfx -inkey client_key.pem -in client_cert.crt

对于客户端信任库：

keytool -import -file cacert.crt -alias cacert -keystore ClientTruststore
keytool -import -file client_cert.crt -alias servercert -keystore ClientTruststore

对于服务器密钥库：

openssl pkcs12 -export -out server_key.p12 -inkey server_key.pem -in server_cert.crt
SET PASSWORD=MyPassword
keytool -genkey -alias server -keyalg RSA -validity 3650 -keystore server.keystore -storepass %PASSWORD% -keypass %PASSWORD% 
keytool -importcert -alias rootCA -keystore server.keystore -storepass %PASSWORD% -keypass %PASSWORD% -file cacert.crt
keytool -v -importkeystore -srckeystore server_key.p12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore server.keystore -deststoretype JKS -deststorepass %PASSWORD%

对于服务器信任库：

keytool -import -file cacert.crt -alias cacert -keystore ServerTruststore
keytool -import -file client_cert.crt -alias client -keystore ServerTruststore

我用一个非常简单的SSL客户端/服务器通过运行以下程序进行了测试：

java -Djavax.net.ssl.keyStore=server.keystore -Djavax.net.ssl.keyStorePassword=MyPassword -Djavax.net.ssl.trustStore=ServerTruststore -Djavax.net.ssl.trustStorePassword=MyPassword -jar HelloServer.jar
java -Djavax.net.ssl.keyStore=client.pfx -Djavax.net.ssl.keyStorePassword=MyPassword -Djavax.net.ssl.trustStore=ClientTruststore -Djavax.net.ssl.trustStorePassword=MyPassword -jar HelloClient.jar

运作良好，欢迎提出任何改善建议。