短版本

renv，venv，jupyterlab和IRkernel一起使用的简单而优雅的方法是什么？特别是，如何从jupyter笔记本中自动激活不在根目录下的renv？

长版本

我喜欢"多语言"的数据科学风格，这意味着同时使用python和R，现在venv很棒，renv很棒，jupyterlab也很棒，所以我想弄清楚什么是同时使用它们的好方法。
我 * 几乎 * 有它，所以可能一些提示将足以完成这个设置。

系统

从干净的操作系统开始，并安装系统级要求：R + renv和Python + venv。例如在Ubuntu上，它大致如下所示：

# R
sudo apt install r-base
sudo R -e "install.packages('renv')"

# Python
sudo apt install python3.8
sudo apt install python3.8-venv

项目
现在，使用两个文件创建一个基本项目jupyrenv：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
└── requirements.txt

DESCRIPTION包含R依赖项：

Suggests:
    IRkernel,
    fortunes

requirements.txt包含python依赖项：

jupyterlab

创建虚拟环境并安装依赖项（顺序很重要，R必须遵循python）：

# Python
python3.8 -m venv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

# R
R -e "renv::init(bare=TRUE)"
R -e "renv::install()"
R -e "IRkernel::installspec()"

到目前为止非常整洁!
木星
从命令行启动jupyter并欢呼吧，它成功了!

jupyter-lab

有什么不喜欢的？
不幸的是，如果我创建一个文件夹（比如notebooks）并在那里启动一个R笔记本，它就不起作用了：（

[I 2022-02-23 19:07:24.628 ServerApp] Creating new directory in 
[I 2022-02-23 19:07:31.159 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:07:31.416 ServerApp] Kernel started: 0aa2c276-18dc-4511-b308-e78234fa71d4
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted

尝试修复

看起来renv不是从子文件夹中使用的，所以我们需要提示R进程使用它。我尝试在notebooks子文件夹中添加一个额外的.Rprofile文件：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
├── requirements.txt
├── renv
├── venv
├── notebooks
│   ├── .Rprofile
│   └── Untitled.ipynb
├── .Rprofile
└── Untitled.ipynb

具有以下内容：
.Rprofile：

source("../renv/activate.R")

而且它 * 有点 * 工作，但不是真的。首先，当试图在notebooks目录中创建一个R笔记本时，它会创建一个新的renv：

[I 2022-02-23 19:22:28.986 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:22:29.298 ServerApp] Kernel started: b40a88b3-b0bb-4839-af45-85811ec3073c
# Bootstrapping renv 0.15.2 --------------------------------------------------
* Downloading renv 0.15.2 ... OK (downloaded source)
* Installing renv 0.15.2 ... Done!
* Successfully installed and loaded renv 0.15.2.

然后jupyter的示例可以工作，我可以使用它，但如果我重新启动，它将停止工作，并返回到丢失的IRkernel错误：

[I 2022-02-23 19:24:58.912 ServerApp] Kernel started: 822d9372-47fd-43f5-8ac7-77895ef124dc
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart

我错过了什么？