看起来这个问题与我有一个通用连接对象有关。每个线程创建一个似乎已经消除了这个问题。

我也遇到了同样的问题。我的项目代码中有一个全局连接，我发现如果长时间没有mysql操作，这个连接会超时。这个错误会在执行sql任务时发生，因为连接超时。
我的解决方案是：在执行sql任务之前重新连接mysql。

sql = ("INSERT INTO LOCATIONS (location_id, place_name) VALUES (%s, %s)")
    self.connnection.ping()  # reconnecting mysql
    with self.connection.cursor() as cursor:         
        cursor.execute(sql, (location_id, place_name))

我也遇到了同样的错误，我发现pymysql是线程安全的，所以你需要像@ sometimesi写代码说的那样为每个线程打开一个连接。
找到的来源：https://github.com/PyMySQL/PyMySQL/issues/422

不要关闭连接删除游标.close（）行应该继续更新数据库

在升级到新的PyMySQL版本后，我突然遇到了同样的错误，但没有做很多查询。我还遇到了一个额外的错误：

[..]
pymysql.err.InterfaceError: (0, '')

During handling of the above exception, another exception occurred:

pymysql.err.Error: Already closed

由于这似乎是唯一真正讨论这个错误的地方，我也将在这里发布我的解决方案。
根据PyMySQL文档，我是这样做的：

connection = pymysql.connect([...])

with connection:
    with connection.cursor() as cursor:
        [..]
        cursor.execute(sql)

# lots of other code

with connection:
    [...]

我没有注意到的是，当上下文管理器执行完毕时，with connection会自动关闭到数据库的连接，因此后续查询会失败，即使我仍然能够从连接中获得游标而没有错误。
解决方案是不使用with connection上下文管理器，而是手动关闭数据库连接：

connection = pymysql.connect([...])

with connection.cursor() as cursor:
    [..]
    cursor.execute(sql)

# lots of other code

with connection.cursor() as cursor:
    [..]

connection.close()