我的PHP 7.4脚本从本地MySQL 5.7数据库中选择一个大型InnoDB表，并使用PDO迭代每一行。我使用无缓冲查询的目的是因为整个表将无法容纳服务器内存。
查询是一个简单的SELECT * FROM table WHERE field_a = ... ORDER BY field_b, field_c。
迭代结果的代码为：

$rows = $db->prepare('redacted');
$rows->bindParam(':redacted', $redacted);
$rows->execute();

foreach($rows as $r) {
    if($r->fieldname != redacted)
        doWork1();
    
    doWork2();
}

doWork2()，它始终使用单独的缓冲PDO连接执行以下工作：
1.更新数据库上的行;
1.在事务中，在另一个表中插入较少新行（每行一个INSERT查询）。
每次迭代花费的时间不会超过1-2秒，但整个循环可能需要几个小时才能完成。
脚本运行良好，但是正好每12：00分钟，PDO抛出以下异常：

[03-Feb-2023 08:34:29 Europe/Rome] PHP Fatal error:  Uncaught PDOException: SQLSTATE[HY000]: General error: 2006 MySQL server has gone away in redacted:176
Stack trace:
redacted
[03-Feb-2023 08:46:50 Europe/Rome] PHP Fatal error:  Uncaught PDOException: SQLSTATE[HY000]: General error: 2006 MySQL server has gone away in redacted:176
Stack trace:
redacted

行号总是foreach或if。
博客说：

2023-02-03T08:36:33.480661+01:00 781575 [Note] Aborted connection 781575 to db: 'redacted' user: 'redacted' host: 'localhost' (Got timeout writing communication packets)
2023-02-03T08:48:56.534865+01:00 781768 [Note] Aborted connection 781768 to db: 'redacted' user: 'redacted' host: 'localhost' (Got timeout writing communication packets)

在重新启动脚本时，它可以在相同的数据上正常工作，因此值或数据类型没有问题。mysqladmin version显示服务器从未崩溃。
我想这是由于某种超时。
我注意到mysql日志中的时间戳大约是PHP致命错误发生后2分钟，所以写超时导致的断开连接是结果，而不是原因。因此，增加net_read_timeout和net_write_timeout（120秒），wait_timeout（8小时），max_allowed_packet（256 MB）没有帮助。我仔细检查了所有服务器变量，没有任何值接近12分钟或720秒。
查询速度快（不到3秒钟）并经过优化;没有大的田野;它使用索引;查询EXPLAIN是（相关部分）：594802 | 5.67 | Using index condition; Using where; Using filesort。我不在https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/gone-away.html中提到的情况下
该机器是装有Linux和cPanel的AWS Lightsail。

#  mysqladmin version
mysqladmin  Ver 8.42 Distrib 5.7.40, for Linux on x86_64
redacted
Uptime:                 10 days 10 hours 34 min 13 sec
redacted
Threads: 6  Questions: 15310531  Slow queries: 0  Opens: 9989  Flush tables: 1  Open tables: 1854  Queries per second avg: 16.972

我启用了查询日志，并仔细检查了错误时间，所有查询都是正确的。