linux 遍历文件中的每个“偶数”行[已关闭]

qmelpv7a 于 2023-02-11 发布在 Linux

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我有一个fasta文件，结构如下。对于上下文，一个fasta文件是一个简单的文本文件，文件头用'〉'表示，文件头下面是文本。我想创建一个for循环，可以遍历这个fasta文件的每一个偶数行。
文件名为chicken_topmotifs.fasta

>gene8
ATGAATTATTATACACCTCAAATACTCTCCTCAATCTCTCCAACATTCCCCACCACAATTCTCGGTGACTTTACTACACTTCTACAATCATACACTTCT

>gene12
ATGGTAGATCTCTATTACGATTATCTTTCTTAGATCACATAATTATCACCCCCCCTTATAAATCTACACTTCTACAACCAATTACACTTCTACAAAACA
>gene18
ATGCTTTTACACTTCTACAACTACTTTTAACTCGATACTTCTACAATCTACACATATCACAATAACAAAAACAAAAAGCTACTAATATATATATATACA
>gene21
ATGTCTCAATTTCACCAATCTATAATTTACTACGCCGTACTCTTTATAACCTTACTTTCTTAAATAACATTACACTTCTACATTACATATTTTACATCA

for sequence in chicken_topmotifs.fasta;
do
    echo $sequence
done

linux

来源：https://stackoverflow.com/questions/75405574/loop-through-every-even-line-in-a-file

2条答案

按热度按时间

n6lpvg4x1#

每次循环读两次，第一次读奇数行，第二次读偶数行。

while read -r gene; do
    read -r sequence
    # do stuff with $sequence
done < chicken_topmotifs.fasta

赞(0）回复(0）举报 2023-02-11

sirbozc52#

假设：

忽略标题（>）行
忽略空行

一个bash创意：

while read -r sequence
do
      echo "$sequence"
done < <(grep '^[ATGC]' chicken_topmotifs.fasta)

如果我们不必担心空行：

while read -r sequence
do
      echo "$sequence"
done < <(grep -v '^>' chicken_topmotifs.fasta)

这两种方法都会产生：

ATGAATTATTATACACCTCAAATACTCTCCTCAATCTCTCCAACATTCCCCACCACAATTCTCGGTGACTTTACTACACTTCTACAATCATACACTTCT
ATGGTAGATCTCTATTACGATTATCTTTCTTAGATCACATAATTATCACCCCCCCTTATAAATCTACACTTCTACAACCAATTACACTTCTACAAAACA
ATGCTTTTACACTTCTACAACTACTTTTAACTCGATACTTCTACAATCTACACATATCACAATAACAAAAACAAAAAGCTACTAATATATATATATACA
ATGTCTCAATTTCACCAATCTATAATTTACTACGCCGTACTCTTTATAACCTTACTTTCTTAAATAACATTACACTTCTACATTACATATTTTACATCA

赞(0）回复(0）举报 2023-02-11

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