我想计算统计数据并绘制ROI（Reg1和Reg2之间、Reg1和Reg3之间、Reg2和Reg3之间）中每个Cell_type（20_p1、4_p1等）的显著性p值。
structure(list(Value = c(4.621072089, 12.59398496, 0, 0, 10.16507385,
23.37278107, 8.474576271, 0, 7.397959184, 11.02803738, 1.694915254,
4.347826087, 9.6024006, 27.98053528, 8.450704225, 0, 8.78112713,
19.33471933, 0, 0, 20.44534413, 27.79809802, 20.51282051, 50,
28.00150546, 45.01811594, 26.47058824, 50, 0, 0.113765643, 0.266666667,
0, 0.520833333, 0.393700787, 0.595238095, 0, 0.875912409, 0.965517241,
1.731601732, 0), Cell_type = c("20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1",
"20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1", "20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1",
"20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1", "20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1",
"20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1", "20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1",
"20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1", "20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1",
"20_p1", "4_p1", "8_p1", "68_p1"), Area = c("GC1", "GC1", "GC1",
"GC1", "GC2", "GC2", "GC2", "GC2", "GC3", "GC3", "GC3", "GC3",
"GC4", "GC4", "GC4", "GC4", "GC5", "GC5", "GC5", "GC5", "GC_sc1",
"GC_sc1", "GC_sc1", "GC_sc1", "GC_sc2", "GC_sc2", "GC_sc2", "GC_sc2",
"Foll1", "Foll1", "Foll1", "Foll1", "Foll2", "Foll2", "Foll2",
"Foll2", "Foll3", "Foll3", "Foll3", "Foll3"), ROI = c("Reg1",
"Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1",
"Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg1",
"Reg1", "Reg1", "Reg1", "Reg2", "Reg2", "Reg2", "Reg2", "Reg2",
"Reg2", "Reg2", "Reg2", "Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3",
"Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3", "Reg3"), Site = c("Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal",
"Normal", "Normal", "Normal", "Normal")), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-40L))我使用的代码如下：
p= ggplot(Data, aes(x=ROI, y=Value, fill=ROI)) +
geom_boxplot() +geom_point()+
theme_classic()+ylim(0,100) +
facet_grid(cols=vars(Cell_type), rows=vars(Site)) +
rotate_x_text(angle = 45)
df_wilcox <- Data %>%
group_by(Cell_type, ROI) %>%
pairwise_wilcox_test(Value ~ ROI) %>%
add_y_position(step.increase = 0.02)它给出错误："" mutate()中的错误：!计算data = map(.data$data, .f, ...)时出现问题。由pull()中的错误导致：!无法提取不存在的列。列ROI不存在。
1条答案
按热度按时间y3bcpkx11#
这里有两个问题，一个是您已经按照
ROI和Cell_type对 Dataframe 进行了分组，但是pairwise_wilcox_test需要比较每个分组中不同的ROI级别，因此您必须只按照Cell_type进行分组。我遇到的第二个问题与您的样本数据有关，因为
68_p1中的两个组的方差为零，这似乎会导致计算错误，因此我不得不过滤掉这种单元格类型：在
ggpubr框架中完成整个过程可能是最简单的：