您的方法中存在两个问题：
1.您只检查了if (answers[i] == 0)的情况，您需要一个else部分来处理不为真的情况，即answers[i] == 1
1.你的answers数组只有你的choices列表的一半大小，并且数组中的ith索引保存了关于i * 2和i * 2 + 1选项的信息，但是现在你将answers的ith索引与你的选项列表的ith索引相关联。
将classSummary方法的内部循环中的代码从：

public static void classSummary() {
    for (Student student : data) {
        int[] answers = student.getAnswers();
        for (int i = 0; i < answers.length; i++) {
            if (answers[i] == 0) {
                choices.get(i).setCount(choices.get(i).getCount() + 1);
            }
        }
    }
}

到

public static void classSummary() {
    for (Student student : data) {
        int[] answers = student.getAnswers();
        for (int i = 0; i < answers.length; i++) {
            if (answers[i] == 0) {
                choices.get(i * 2).setCount(choices.get(i * 2).getCount() + 1);
            } else {
                choices.get(i * 2 + 1).setCount(choices.get(i * 2 + 1).getCount() + 1);
            }
        }
    }
}

你甚至可以缩短@厄立特里亚建议的代码：

public static void classSummary() {
  for (Student student : data) {
    int[] answers = student.getAnswers();
    for (int i = 0; i < answers.length; i++) {
      int index = i * 2 + answers[i];
      choices.get(index).setCount(choices.get(index) + 1);
    }
  }
}

但是，您确实应该使用如下答案验证该文本文件的输入：

while (inFile2.hasNextLine()) {
  String line = inFile2.nextLine();
  String[] x = line.split(",");
  String name = x[0];
  int[] answers = new int[x.length - 1];
  for (int i = 1; i < x.length; i++) {
    answers[i - 1] = x[i].trim().equals("0") ? 0 : 1;
  }
  Student student = new Student(name, answers);
  data.add(student);
}

你可以用Map<Integer>代替ArrayList<Choices>（这意味着你不需要实现整个Choices类），在这种情况下，如果选择的顺序在结果中不重要，你可以使用HashMap，或者如果选择的顺序应该保持在输入文件中出现的顺序，你可以使用LinkedHashMap。
或者在Choices类中实现一个方法increment来提高代码的可读性：

static class Choices {
  // ... existing parts go here
  void increment() {
    count++;
  }
}

这样，您将只写入choices.get(index).increment();，而不是choices.get(index).setCount(choices.get(index) + 1);