如果数据表中的行是Item类型，并且这些行是在List<Item> items中收集的，则这应该是一种可能的方法：

var groupedItems = items
    .GroupBy(item => item.SHOPID + item.ITEMID);

var filteredGroupedItems = groupedItems
    .Where(gr =>
        gr
           .Select(item => item.OLD_BATCHNO)
           .Intersect(gr.Select(item => item.NEW_BATCHNO))
           .All(string.IsNullOrEmpty) ||
        gr
           .Select(item => item.OLD_QTY)
           .Intersect(gr.Select(item => item.NEW_QTY))
           .All(qty => !qty.HasValue));

var resultingItems = filteredGroupedItems
    .Select(gr => new Item
        (
            gr.First().SHOPID,
            gr.First().ITEMID,
            gr.FirstOrDefault(item => !string.IsNullOrEmpty(item.OLD_BATCHNO))?.OLD_BATCHNO,
            gr.FirstOrDefault(item => !string.IsNullOrEmpty(item.NEW_BATCHNO))?.NEW_BATCHNO,
            gr.FirstOrDefault(item => item.OLD_QTY.HasValue)?.OLD_QTY,
            gr.FirstOrDefault(item => item.NEW_QTY.HasValue)?.NEW_QTY
        ))
    .ToList();

groupedItems对象满足 * 匹配的SHOPID* 和 * 匹配的ITEMID* 要求。
filteredGroupedItems对象满足以下两个要求中的“之一”要求：

• • [旧批次编号-新批次编号]不匹配 *
• • （匹配[旧批次编号-新批次编号]，但）不匹配[旧数量-新数量]*

resultingItems对象是每个筛选分组的“合并”项的集合。
给定示例输入，对应的输出如下所示：

SHOP02   ITEM02   BATCH0002   BATCH0002   2   3
SHOP03   ITEM03   BATCH0003   BATCH0003   4   5
SHOP04   ITEM04   BATCH0004               4    
SHOP05   ITEM05               BATCH0005       5

小提琴here示例。

你能发布一些你已经尝试过的代码吗？虽然你不太了解如何读取数据，但根据你的linq标记，我猜你可以访问类。
基于对代码的一些假设，我将执行如下操作

var newValues = new List<Value>();
var groupBy = values.GroupBy(x=>$"{x.SHOPID}{x.ITEMID}");
foreach(var group in groupBy){
    var oldRow = group.First(x=> x.NEW_BATCHNO == "");
    var newRow = group.First(x=> x.OLD_BATCHNO == "");
    newValues.Add(new Value(){
        SHOPID = oldRow.SHOPID,
        ITEMID = oldRow.ITEMID,
        OLD_BATCHNO = oldRow.OLD_BATCHNO,
        NEW_BATCHNO = newRow.NEW_BATCHNO,
        OLD_QTY = oldRow.NEW_BATCHNO,
        NEW_QTY = newRow.NEW_BATCHNO,
        };
}
return newValues;

试试这个，我试着写一个简单的查询。

var result = datatable
  .Where(d => (d.SHOPID, d.ITEMID) 
    == (datatable.FirstOrDefault(dd => dd.OLD_BATCHNO == dd.NEW_BATCHNO)
        ?? new { SHOPID = default(string), ITEMID = default(string) }))
  .Where(d => d.OLD_BATCHNO == null || d.OLD_BATCHNO != d.NEW_BATCHNO || d.OLD_QTY != d.NEW_QTY);