IIUC，你只是缺少了圆括号来否定所有条件的并集：

filtered_messages = [elem for elem in messages_all if not (elem.get('client_msg_id')
                     or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('subtype') == 'channel_join') 
                     or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('subtype') == 'channel_leave')
                     or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('reply_users_count') == 2))
                ]

这将只保留示例中输入的第一个元素。
输出：

[{'type': 'message', 'subtype': 'bot_message', 'text': "This content can't be displayed.", 'ts': '1573358255.000100', 'username': 'Userform', 'icons': {'image_30': 'www.example.com'}, 'bot_id': 'JOD4K22SJW', 'blocks': [{'type': 'section', 'block_id': 'yCKUB', 'text': {'type': 'mrkdwn', 'text': 'Your *survey* has a new response.', 'verbatim': False}}, {'type': 'section', 'block_id': '37Mt4', 'text': {'type': 'mrkdwn', 'text': '*Thanks for your response. Where did you first hear about us?*\nFriend', 'verbatim': False}}, {'type': 'section', 'block_id': 'hqps2', 'text': {'type': 'mrkdwn', 'text': '*How would you rate your experience?*\n9', 'verbatim': False}}, {'type': 'section', 'block_id': 'rvi', 'text': {'type': 'mrkdwn', 'text': '*city*\nNew York', 'verbatim': False}}, {'type': 'section', 'block_id': 'q=L+', 'text': {'type': 'mrkdwn', 'text': '*order_id*\n123456', 'verbatim': False}}]}
]

考虑到生成的listcomp的长度，我将改为如下形式：

def filterdict(d):
    subtypes = {"channel_join", "channel_leave"}
    return any(
        test(d)
        for test in (
            lambda d: d["type"] == "message" and d.get("subtype") in subtypes,
            lambda d: d["type"] == "message" and d.get("reply_user_count") == 2,
            lambda d: d.get("client_msg_id"),
        )
    )

msgs = [x for x in messages_all if not filterdict(x)]

在此表单中：

• 我们有一个过滤器fn，它为感兴趣的消息返回False，因此我们可以在本地将其与itertools.filterfalse一起使用
• 这些条件都列明了
• lambdas和all的使用确保了测试的封装---一个放错的括号不会导致激发这个问题的那种问题
• 我们将两个功能相同的测试封装在一个成员资格测试中，这样更清晰，更容易阅读。

一个人是否喜欢这种东西最终将是一个品味的问题。

我发现get方法比检查键是否在字典中要慢得多，所以如果你有大数据，检查字典中现有的键会更快：

filtered_messages = [elem for elem in messages_all
                     if "client_msg_id" not in elem
                     and not ("type" in elem
                              and not ('subtype' in elem
                                       and not (elem['subtype'] in ['channel_join', 'channel_leave']
                                                or ('reply_users_count' in elem
                                                    and elem['reply_users_count'] == 2))))]

就像@mozway说的，有些括号根本就没了。
我个人会更进一步，为这么大的if条件创建一个函数：

def my_filter(elem):
    if not (elem.get('client_msg_id') 
      or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('subtype') == 'channel_join') 
      or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('subtype') == 'channel_leave') 
      or (elem.get('type') == 'message' and elem.get('reply_users_count') == 2)):
      return True
    return False

filtered_messages = [elem for elem in messages_all if my_filter(elem)]

编辑：删除额外的布尔变量