如果您希望PHP脚本将其调用到shell中，则：

exec("php path/to/script.php&");

否则，就按终端引用的内容操作。
另外，检查你的php.ini文件，它可能在一段时间后被设置为超时。这可能是你的问题。如果是这种情况，你最好把它交给一个用低级语言编写的程序，如C或C++，然后再交给PHP。你也可以把超时增加到一个更高的值，但如果它花的时间太长，它可能会拖累你的服务器。
如果你想在你的浏览器中看到它完成的时候。确保你可以得到进程的pid，然后创建一个脚本来查看进程的状态。当它完成的时候，让AJAX把它加载到当前的框架中。

更新：

大概是这样的

$pid = exec("nohup $command > /dev/null 2>&1 & echo $!");

这里命令是你想要做的。
然后一些jquery像：

<script>
$(document).ready(function()
{
   checkStatus();
});

function checkSatus()
{
   $.get("/path/to/checkStatus.php,{pid: <?php echo $pid;?>},function(){
     if(data.running == 1) alert("PDFS done");
   window.setTimeOut(checkStatus,30000);
}
</script>

然后另一个checkStatus.php文件：

<?php
  $pid = $_GET["pid"];
  $isRunning = file_exists( "/proc/$pid" );
  if($isRunning){
    json_encode(Array("running"=>1));
  }
  else
  {
    json_encode(Array("running"=>0));
  }

• 对代码没有任何保证。它只是被快速地组合在一起。