java 从与单一同位素质量匹配的pubchem提取sdf文件

qaxu7uf2 于 2023-02-28 发布在 Java

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我试图从pubchem数据库中提取sdf格式的化合物的化学结构，这些化合物与某个精确质量相匹配，并且在该精确质量的10 ppm范围内（exactmass-cmpndmass/exactmass）*10^6。有没有一种方法可以使用python或java编程语言与pubchem接口来实现这一点？

1条答案

PubChem有一个REST API来下载化学结构。为了检索给定质量范围内的PubChem化合物记录，应启动Entrez查询来生成CID列表。100：100.01是示例的质量范围。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass]

您可以参考本教程Power user gateway