我正在试着调试一个.R脚本，一行一行地检查错误在哪里。
我已经到了输入数据集的部分，但是我很难理解下面的代码在做什么。
gtfile =grep("gt=",commandArgs())
if (length(gtfile)==0) { stop ("specify genotype file (gt=filename)\nRun script without arguments to see all options\n") }
gtfile=sub("gt=","", commandArgs()[gtfile])我应该只是能够在我的gt文件名下面读：
gt=read.table("~/clean.tab")如果我像上面那样在中读取gt文件，那么我应该修改mode以期望gt对象，如下所示？
gtfile =grep("gt",commandArgs())
if (length(gtfile)==0) { stop ("specify genotype file (gt=filename)\nRun script without arguments to see all options\n") }
gtfile=sub("gt","", commandArgs()[gtfile])我得到了下面的错误，这让我认为它没有像我希望的那样阅读入文件gt。
Error: specify genotype file (gt=filename)
Run script without arguments to see all options如果您对第一块代码的作用有任何建议，我们将不胜感激。
我已经修改了代码块并读入了文件。我希望读入gt文件，然后运行代码块以grep文件中所需的部分。
1条答案
按热度按时间w1jd8yoj1#
解决方案：我试着在R环境中调试一个为linux编写的脚本。我不假思索地添加了“read.table”函数，这在linux HPC环境中是不需要的。这导致了我的输入文件的一些轻微修改。我只需要像这样读入：
另外，上面的代码对于R环境来说并不是绝对必要的，它只是检查文件是否存在（并不是真正阅读），读入函数在代码的后面。