我从https://www.catalogueoflife.org/data/download下载了ColDP归档文件，并将NameUsage.tsv导入到一个SQLite表中，我认为该表大约有200万行。
创建表格：
.mode tabs
.import NameUsage.tsv name_usage表模式
sqlite> .schema name_usage
CREATE TABLE IF NOT EXISTS "name_usage"(
"col:ID col:alternativeID col:nameAlternativeID col:sourceID col:parentID col:basionymID col:status col:scientificName col:authorship col:rank col:notho col:uninomial col:genericName col:infragenericEpithet col:specificEpithet col:infraspecificEpithet col:cultivarEpithet col:namePhrase col:nameReferenceID col:publishedInYear col:publishedInPage col:publishedInPageLink col:code col:nameStatus col:accordingToID col:accordingToPage col:accordingToPageLink col:referenceID col:scrutinizer col:scrutinizerID col:scrutinizerDate col:extinct col:temporalRangeStart col:temporalRangeEnd col:environment col:species col:section col:subgenus col:genus col:subtribe col:tribe col:subfamilycol:family col:superfamily col:suborder col:order col:subclass col:class col:subphylum col:phylum col:kingdom col:sequenceIndex col:branchLength col:link col:nameRemarks col:remarks" TEXT
);看起来创建的表有一个很长的列，该列由所有单独的列名组成。该列的类型已设置为 * TEXT 。
我很想去掉所有名称上的 * col： 前缀，也想选择不同列的类型。如果行数较少，我可能会在vim中编辑它，然后创建表，但不知道最佳方法是什么，加上大量的行，让我觉得最好是得到一些关于将数据放入SQLite表的最佳方法的建议。
- 编辑：**
NameUsage.tsv的前几行
col:ID col:alternativeID col:nameAlternativeID col:sourceID col:parentID col:basionymID col:status col:scientificName col:authorship col:rank col:notho col:uninomial col:genericName col:infragenericEpithet col:specificEpithet col:infraspecificEpithet col:cultivarEpithet col:namePhrase col:nameReferenceID col:publishedInYear col:publishedInPage col:publishedInPageLink col:code col:nameStatus col:accordingToID col:accordingToPage col:accordingToPageLink col:referenceID col:scrutinizer col:scrutinizerID col:scrutinizerDate col:extinct col:temporalRangeStart col:temporalRangeEnd col:environment col:species col:section col:subgenus col:genus col:subtribe col:tribe col:subfamily col:family col:superfamily col:suborder col:order col:subclass col:class col:subphylum col:phylum col:kingdom col:sequenceIndex col:branchLength col:link col:nameRemarks col:remarks
5T6MX accepted Biota unranked Biota acceptable CoL
5SY HP accepted Velocipedoidea superfamily Velocipedoidea
3FD8- 编辑：**
head -3 NameUsage.tsv | cat -A
col:ID^Icol:alternativeID^Icol:nameAlternativeID^Icol:sourceID^Icol:parentID^Icol:basionymID^Icol:status^Icol:scientificName^Icol:authorship^Icol:rank^Icol:notho^Icol:uninomial^Icol:genericName^Icol:infragenericEpithet^Icol:specificEpithet^Icol:infraspecificEpithet^Icol:cultivarEpithet^Icol:namePhrase^Icol:nameReferenceID^Icol:publishedInYear^Icol:publishedInPage^Icol:publishedInPageLink^Icol:code^Icol:nameStatus^Icol:accordingToID^Icol:accordingToPage^Icol:accordingToPageLink^Icol:referenceID^Icol:scrutinizer^Icol:scrutinizerID^Icol:scrutinizerDate^Icol:extinct^Icol:temporalRangeStart^Icol:temporalRangeEnd^Icol:environment^Icol:species^Icol:section^Icol:subgenus^Icol:genus^Icol:subtribe^Icol:tribe^Icol:subfamily^Icol:family^Icol:superfamily^Icol:suborder^Icol:order^Icol:subclass^Icol:class^Icol:subphylum^Icol:phylum^Icol:kingdom^Icol:sequenceIndex^Icol:branchLength^Icol:link^Icol:nameRemarks^Icol:remarks$
5T6MX^I^I^I^I^I^Iaccepted^IBiota^I^Iunranked^I^IBiota^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^Iacceptable^I^I^I^I^ICoL^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I$
5SY^I^I^I^IHP^I^Iaccepted^IVelocipedoidea^I^Isuperfamily^I^IVelocipedoidea^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I^I$
1条答案
按热度按时间k2arahey1#
确保TSV文件包含一个标题，标题中列的名称正确。另外，检查字段是否正确地用制表符分隔，而不是空格。
在您的示例中，字段包含“col：”前缀，因此当sqlite将第一行解析为标题时，它使用这些名称。关于创建单个 TEXT 列，字段可能由空格而不是制表符分隔。
另一种选择是先创建表：
虽然导入是自动进行的，但是您不能选择列的类型（它们可能会被加载为 TEXT）。
然后，您可以使用相同的方法进行导入：
或将制表符设置为分隔符：
注意，在第二个选项中，sqlite仍然使用csv样式的规则来解释引号，这可能不是您想要的，因此，推荐使用第一个选项。