要在设置中保存checkBoxSaveRectangles的状态，您可以使用Checked属性，该属性是bool类型。注意，您应该使用Save方法来执行save settings：

private void checkBoxSaveRectangles_CheckedChanged(object sender, EventArgs e)
{
    Properties.Settings.Default.CheckBoxSaveRectangles = checkBoxSaveRectangles.Checked;
    Properties.Settings.Default.Save();
}

接下来你可以从应用程序设置中设置CheckBox的状态。你可以在Properties.Settings的构造函数中readCheckBoxSaveRectangles的值，如下所示：

public Form1()
{
    InitializeComponent();
    checkBoxSaveRectangles.Checked = Properties.Settings.Default.CheckBoxSaveRectangles;
}

如果需要，还可以从代码的任何位置的设置中读取此值。

我不确定我是否理解了这个问题，但可能问题是您忘记保存设置。请尝试添加以下行：
Properties.Settings.Default.Save();