CocoaPods使用了一颗Ruby：https://github.com/CocoaPods/Xcodeproj来处理Xcode项目文件。因此，在它的帮助下，可以操纵项目中构建阶段的顺序。我做了一个快速测试，下面的脚本应该可以满足您的需要：

#fix_build_phases.rb
require 'xcodeproj'

def main
  begin
    proj = Xcodeproj::Project.open("YourProject.xcodeproj")
    target = proj.native_targets.select { |target| target.name == "YourTarget" }.first
    phase = target.build_phases.select { |phase| phase.display_name == "MyScript" }.first
    
    idx = -1
    target.build_phases.each_with_index do |phase, index| 
        if phase.display_name == "[CP] Embed Pods Frameworks"
            idx = index
        end
    end
    if idx > 0
        target.build_phases.move(phase, idx)
    end
    proj.save
  end
end

main

如果您希望确保脚本在pod安装后始终位于正确的位置，则需要将其添加到您的pod文件中：

post_install do |installer|
    system("(sleep 1 && ruby fix_build_phases.rb)&")
end

有一些延迟，因为它没有立即工作后安装，可能是由于Cocoapods更新项目本身在那一刻。

我还没有找到一种方法来决定一个特定的顺序。但是可以使用一个Cocoapods特性，允许在Podfile中指定用户脚本。
如果您在Podfile中使用script_phase，例如

target 'App' do
    all_your_pods

    script_phase :name => 'My Script', :script => 'echo "script"'
end

您将得到要插入到所有其他[CP]脚本之后的My Script，如下所示：

• [CP] Embed Pods Frameworks
• [CP] Copy Pods Resources
• [CP-User] My Script

这解决了我的问题，即使不允许您声明特定的排序。