c++ 有人能告诉我为什么Chem.MolFromSmiles没有将SMILES列表转换为RDKit中的mol对象吗？

dffbzjpn 于 2023-03-05 发布在其他

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我有一个包含298个SMILES的列表，我想将这298个SMILES转换为mol对象，但是rdkit给了我上面的错误。

TypeError: No registered converter was able to produce a C++  

 rvalue of type std::basic_string<wchar_t, 
  std::char_traits<wchar_t>, std::allocator<wchar_t> > from this 
  Python object of type float

这是我的代码：

for mol in str_smiles:
  Chem.MolFromSmiles(mol)
  mol_object_list.append(mol)

有人能告诉我出什么事了吗？

c++

来源：https://stackoverflow.com/questions/72751013/can-someone-tell-why-chem-molfromsmiles-is-not-converting-list-of-smiles-into-mo

1条答案

按热度按时间

e4eetjau1#

首先，你所展示的代码不会起作用，因为你需要先将对象赋值给某个对象，比如：

mol_object_list = []
for smi in str_smiles:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mol_object_list.append(mol)

回到您的错误，当SMILES字符串输入无效时会发生错误。可能str_smiles列表中的某些SMILES是错误的。请尝试以下代码段来找出是哪些错误：

mol_object_list = []
for smi in str_smiles:
    try:  # Try converting the SMILES to mol object
        mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
        mol_object_list.append(mol)
    except:  # Print the SMILES if there was an error in converting
        print(smi)

打印的SMILES无效，您必须修复它们。
另外，我假设str_smiles是一个python列表。

赞(0）回复(0）举报 2023-03-05

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