只需删除末尾的前导零：

gsub(" 0", " ", format(as.Date("1998-09-02"), "%Y, %m, %d"))
## [1] "1998, 9, 2"

使用%e获取前导空格而不是前导零。

您可以通过简单地更改strftime字符串来实现这一点，但这取决于您的平台（Unix或Windows）。
Unix
在要删除前导零的每个术语前插入减号（-）：

format(as.Date("2020-06-02"), "%Y, %-m, %-d")
[1] "2020, 6, 2"

Windows

在每个所需术语前插入磅号（#）：

format(as.Date("2020-06-02"), "%Y, %#m, %#d")
[1] "2020, 6, 2"

通过使用{lubridate} package的year()、month()和day()函数，我发现了一个变通方法。在glue::glue()的帮助下，很容易做到以下操作：

library(lubridate)
#> 
#> Attaching package: 'lubridate'
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     date, intersect, setdiff, union
library(glue)
dt <- "1998-09-02"
glue("{year(dt)}, {month(dt)}, {day(dt)}")
#> 1998, 9, 2

由reprex package（v2.0.0）于2021年4月19日创建
2023年3月2日编辑：
在{tidyverse} 2.0.0之后，{lubridate}是在连接{tidyverse}之后连接的，因此现在不需要连接{lubridate}：

library(tidyverse)
dt <- "1998-09-02"
str_glue("{year(dt)}, {month(dt)}, {day(dt)}")
#> 1998, 9, 2

创建于2023年3月2日，使用reprex v2.0.2
如果使用{tidyverse}（由@banbh建议），则可以使用str_glue()：

library(tidyverse)
library(lubridate)
#> 
#> Attaching package: 'lubridate'
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     date, intersect, setdiff, union
dt <- "1998-09-02"
str_glue("{year(dt)}, {month(dt)}, {day(dt)}")
#> 1998, 9, 2

由reprex package（v2.0.0）于2021年4月19日创建

一个更通用的解决方案是使用gsub，从%m或%d生成的日期或月份数字中删除前导零。这将删除任何前面没有数字的零：

gsub("(\\D)0", "\\1", format(as.Date("1998-09-02"), "%Y, %m, %d"))