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我正在计算一个标记的不同等位基因的等位基因中位数。我写了一些R代码,当我在文件中有一个以上的标记时,它们工作正常,但当我只有一个标记时,它们不工作,并给出NA值,而不是所有三个等位基因的中位数。
allelic_median <- data.frame()
for (i in seq_along(Sig_Hmap_fil$Marker)){
Allele1 <- row.names(Hmap2[Hmap2[i] == as.character(Sig_Hmap$A1[i]),])
Het <- row.names(Hmap2[Hmap2[i] == as.character(Sig_Hmap$Het[i]),])
Allele2 <- row.names(Hmap2[Hmap2[i] == as.character(Sig_Hmap$A2[i]),])
a <- median(na.omit(myY[myY$Sample %in% Allele1, as.character(Sig_Hmap_fil$Trait[i])]))
b <- median(na.omit(myY[myY$Sample %in% Het, as.character(Sig_Hmap_fil$Trait[i])]))
c <- median(na.omit(myY[myY$Sample %in% Allele2, as.character(Sig_Hmap_fil$Trait[i])]))
allelic_median <- rbind(allelic_median, data.frame(A1_median = a, Het_median = b, A2_median = c))
}
代码在〉1个标记的情况下工作正常,但在Sig_Hmap_fil文件中只有一个标记时写入NA。谢谢,
1条答案
按热度按时间arknldoa1#
输出: