正如@Cerad在评论中建议的那样，我决定执行一个简单的if check if ('cli' === PHP_SAPI)来判断我是否从cli运行。虽然这解决了我的依赖性问题，比如我的值对象中的依赖性，但这并没有完全解决Doctrine侦听器问题中提出的问题，但我修改了我的初始想法以适应这一点。
Doctrine侦听器的问题是我不知道在运行时发送哪个依赖项，因此一个选择是在services.php配置文件中检查if（并通过args方法发送），但这样做感觉有点笨拙，主要是因为我想迁移到yaml配置。另一个选项是基于配置值将其设置为setter依赖项（is_cli或类似的东西），但是当从CLI运行时，我需要始终设置这个参数。
所以我使用了当前的UserBuilder，并使用@Cerad提到的服务定位器。无论如何，我使用的是Builder模式，因此构建器类可以决定我是否使用CLI，而不是使用两个单独的构建器类（CliUserBuilder和HttpUserBuilder），然后是第三个位置，它决定发送哪一个。第二个位置可能是更好的关注点分离，但我不想仅仅为了它而添加额外的配置层。
我的UserBuilder类如下所示：

final class UserBuilder implements ServiceSubscriberInterface
{
    use ServiceSubscriberTrait;

    public function build(): User
    {
        if ('cli' === PHP_SAPI) {
            return $this->buildFromCliRequest();
        }

        return $this->buildFromHttpRequest();
    }

    public function buildFromCliRequest(): User
    {
        return $this->createUserRepository()->find(
            $this->createConfig()->getAutomatedUserId()
        );
    }

    public function buildFromHttpRequest(): ?User
    {
        // Get user context from the http request
        // $authContext = $this->createRequestStack()->getCurrentRequest() ...

        return $this->createUserRepository()->find(
            $authContext->getUser()->getId()
        );
    }

    /**
     * @return RequestStack
     */
    #[SubscribedService]
    public function createRequestStack(): RequestStack
    {
        return $this->container->get(__METHOD__);
    }

    /**
     * @return UserRepository
     */
    #[SubscribedService]
    public function createUserRepository(): UserRepository
    {
        return $this->container->get(__METHOD__);
    }

    /**
     * @return Config
     */
    #[SubscribedService]
    public function createConfig(): Config
    {
        return $this->container->get(__METHOD__);
    }
}

据我所知，服务定位器只创建这些依赖项的代理，因此它们在被调用之前不会被示例化，这意味着如果我在CLI中，那么RequestStack永远不会被调用。
这也允许我进行最小的重构，所以我想我可以接受它。