groovy 使用nextflow元组通道创建简化的组合集

wrrgggsh 于 2023-03-07 发布在其他

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我有一个关于nextflow的问题，以及如何处理以下元组通道和两个单元素：

tuple_ch = Channel.of([['a','a','a','a'], 
                       ['B','B','B','B'], 
                       ['m','m','m','m'], 
                       1,2])

我如何将tuple_ch转换为如下所示（因此它现在是一个元组列表）：

[['a','B','m',1,2],
 ['a','B','m',1,2],
 ['a','B','m',1,2],
 ['a','B','m',1,2]]

我需要一个像这样的输入为我的下一个过程中的管道。

groovy

来源：https://stackoverflow.com/questions/75597537/create-reduced-set-of-combinations-with-nextflow-tuple-channel

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按热度按时间

jfgube3f1#

首先我应该提到的是，您创建的第一个通道不是一个2元素通道，而是一个包含

[[a, a, a, a], [B, B, B, B], [m, m, m, m], 1, 2]

这很容易验证，只要.view()你的通道，你会看到它是一个单元素通道，因为它有一个单一的发射。
无论如何，如果你想把你的原始频道转换成你在最后展示的版本，你可以使用transpose操作符：

tuple_ch
  .transpose()
  .toList()
  .view()

输出：

[[a, B, m, 1, 2],
 [a, B, m, 1, 2],
 [a, B, m, 1, 2],
 [a, B, m, 1, 2]]

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