我得到了同样的问题，并修复。这个问题是与安装的Kustomize版本。检查！kustomize version。从Kustomize v3.0.x
和更高版本，我们需要提到补丁中的命名空间。在补丁yaml文件中添加命名空间后，问题得到解决。
在您的示例中，在update-replicas.yaml补丁文件的元数据下添加名称空间。
有关自定义版本相关问题（如“......无法找到修补程序的唯一目标......”）的更多详细信息，请参阅：https://github.com/kubernetes-sigs/kustomize/issues/1351

我能够重现你的场景，没有任何错误。
我将发布一个一步一步的例子，这样你就可以仔细检查你的。

• 我将使用一个简单的nginx服务器为例，这里是文件结构：

$ tree Kustomize/
Kustomize/
├── base
│   ├── deployment.yaml
│   ├── kustomization.yaml
│   └── service.yaml
└── qa
    ├── kustomization.yaml
    └── update-replicas.yaml
2 directories, 5 files

• 底座：

x一个一个一个一个x一个一个二个一个x一个一个三个一个

• 质量保证：

$ cat Kustomize/qa/kustomization.yaml 
apiVersion: kustomize.config.k8s.io/v1beta1
kind: Kustomization

resources:
- ../base

patchesStrategicMerge:
- update-replicas.yaml

$ cat Kustomize/qa/update-replicas.yaml 
apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
  name: my-app
spec:
  replicas: 2

• 现在我将构建base并应用：

$ kustomize build ./Kustomize/base | kubectl apply -f -
service/nginx-svc created
deployment.apps/my-app created

$ kubectl get all
NAME                          READY   STATUS    RESTARTS   AGE
pod/my-app-64778f875b-7gsg4   1/1     Running   0          52s

NAME                 TYPE        CLUSTER-IP      EXTERNAL-IP   PORT(S)        AGE
service/nginx-svc    NodePort    10.96.114.118   <none>        80:31880/TCP   52s

NAME                     READY   UP-TO-DATE   AVAILABLE   AGE
deployment.apps/my-app   1/1     1            1           52s

NAME                                DESIRED   CURRENT   READY   AGE
replicaset.apps/my-app-64778f875b   1         1         1       52s

所有内容都按预期部署，pod、部署、服务和副本集，只有1个副本。-现在，让我们部署qa更新：

$ kustomize build ./Kustomize/qa/ | kubectl apply -f -
service/nginx-svc unchanged
deployment.apps/my-app configured

$ kubectl get all
NAME                          READY   STATUS    RESTARTS   AGE
pod/my-app-64778f875b-7gsg4   1/1     Running   0          3m26s
pod/my-app-64778f875b-zlvfm   1/1     Running   0          27s

NAME                 TYPE        CLUSTER-IP      EXTERNAL-IP   PORT(S)        AGE
service/nginx-svc    NodePort    10.96.114.118   <none>        80:31880/TCP   3m26s

NAME                     READY   UP-TO-DATE   AVAILABLE   AGE
deployment.apps/my-app   2/2     2            2           3m26s

NAME                                DESIRED   CURRENT   READY   AGE
replicaset.apps/my-app-64778f875b   2         2         2       3m26s

• 这是预期行为，副本数量已扩展到2。
• • 建议：**
• 我注意到您在问题中添加了部署后的部署（through kubectl get deploy <name> -o yaml），但问题可能存在于原始文件中，应用时会有所更改。
• 尝试使用我提供的示例文件重现它，看看是否得到相同的输出。

让我知道你的结果!

在Kustomize/kubectl客户端版本3和更高版本中，我们还需要提到名称空间。您的副本补丁应该如下所示：

apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
  name: my-app
  # In Kustomize version 3 and above we need to mention the namespace as well.
  namespace: your-namespace
spec:
  replicas: 2

现在，这个应该可以了。