ConnectionPatch可以很好地处理子图形，但正如@JodyKlymak所指出的，应该通过set_in_layout(False)将面片从布局计算中删除。
下面是连接第一个子图的ax1a上的（4，8）和第二个子图的ax2上的（2，5）的示例：

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import ConnectionPatch

fig = plt.figure(layout='constrained')
sf1, sf2 = fig.subfigures(1, 2, wspace=0.07)

ax1a, ax1b = sf1.subplots(2, 1)
ax1a.scatter(4, 8)
ax1b.scatter(10, 15)

ax2 = sf2.subplots()
ax2.scatter(2, 5)

conn = ConnectionPatch(
    xyA=(4, 8), coordsA='data', axesA=ax1a,
    xyB=(2, 5), coordsB='data', axesB=ax2,
    color='red',
)
ax2.add_artist(conn)
conn.set_in_layout(False) # remove from layout calculations

plt.show()