和其他shell一样，Fish用双引号展开变量。

alias --save data="awk -F ',' '{print $2 $3}' Data.csv | sort -n | uniq -cd | sort -n"

那是"awk吗？那是双引号，这也是为什么$2和$3会像交互式fish会话中的变量一样被着色。
所以它运行alias，但在此之前，它替换了$2和$3的值，因为它们没有设置，所以它最终为空，所以您得到print。
您需要对变量扩展的$进行转义，或者使用单引号，在后一种情况下，您需要对awk调用的'引号进行转义。
所以要么

alias --save data='awk -F \',\' \'{print $2 $3}\' Data.csv | sort -n | uniq -cd | sort -n'

或

alias --save data="awk -F ',' '{print \$2 \$3}' Data.csv | sort -n | uniq -cd | sort -n"

老实说，就帮你自己一个忙，让它成为一个正常的功能：

function data
    awk -F ',' '{print $2 $3}' Data.csv | sort -n | uniq -cd | sort -n
end

然后运行funcsave data，这不仅简化了引用，而且允许您将$argv放在任何您想要的位置，因此您可以例如将Data.csv替换为$argv，并将其运行为data Data.csv或data Data-2.csv或其他名称。