我从来没遇到过这种问题。
下面是我的setup.py的摘录：

name='aenum',
   version='2.0.2',
   url='https://bitbucket.org/stoneleaf/aenum',
   packages=['aenum'],
   package_data={
       'aenum' : [
           'LICENSE',
           'README',
           'doc/aenum.rst',
           'doc/aenum.pdf',
           ]
       },
   include_package_data=True,
   license='BSD License',
   description="Advanced Enumerations (compatible with Python's stdlib Enum), NamedTuples, and NamedConstants",
   long_description=long_desc,
   provides=['aenum'],
   author='Ethan Furman',
   author_email='...',
   classifiers=[
        ...
        ],

和我的MANIFEST.in：

exclude aenum/*
include setup.py
include README
include aenum/__init__.py
include aenum/test.py
include aenum/test_v3.py
include aenum/LICENSE
include aenum/CHANGES
include aenum/README
include aenum/doc/aenum.pdf
include aenum/doc/aenum.rst

我想说exclude aenum/*对我来说是最好的，所以exclude <package_name>/__pycache__可能对你有用。

setuptools中的find_packages可以执行此操作，此外，您还可以指定要排除的目录，例如：

packages=find_packages(exclude=['docs', 'tests']),

但是编译后的工件（pyc文件和__pycache__目录）应该被自动排除。

为什么要这么做呢？当一个项目第一次在目标机器上运行时，__pycache__目录总是会生成的。它只是Python的一个优化的字节码表示。
但无论如何，您可以编写一个脚本，解压缩.whl文件并进行修改，然后重新打包wheel。

我假设您正在询问如何在使用bdist/sdist打包到wheel文件时排除__pycache__目录和*.pyc。

global-exclude */__pycache__/*
global-exclude *.pyc