正如用户chtz所指出的，问题是“auto”关键字的使用，这将在这里的Eigen website上进一步解释。
以下两项：

// Assume row major
matrix(i,j) = value
// or
vector(i) = value

应该能正常工作。我在VectorXf上做了测试，它确实能正常工作。

块操作是一种选择：

Eigen::Vector4f diag_Vec(1, 2, 4, 7);
Eigen::Matrix4f Mat = diag_Vec.matrix().asDiagonal();
Mat.block<1, 1>(2, 3) = Eigen::Matrix<float, 1, 1>(-4.5);
Mat.block<1, 1>(3, 2) = Eigen::Matrix<float, 1, 1>(1);
cout << "Mat: \n" <<Mat << endl;

在this页面的“系数访问器”部分：
请注意，m（index）语法并不局限于向量，它也适用于一般矩阵，即系数数组中基于索引的访问。但这取决于矩阵的存储顺序。所有特征矩阵默认为以列为主的存储顺序，但可以更改为以行为主，请参阅存储顺序。
operator[]也被重载用于向量中基于索引的访问，但请记住，C不允许operator[]带有多个参数，我们将operator[]限制为向量，因为 C 中的一个尴尬之处是，matrix[i，j]编译成与matrix[j]相同的东西！