带有for循环的空pdf

tcbh2hod 于 2023-03-10 发布在其他

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我有我正在尝试保存一个pdf文件，路径通过snakemake调用。我正在使用vec循环通过每个基因在特征图。我想使每页一个图，并在每个pdf文件中有一个页面列表，我可以看看。但是，我一直得到一个空的pdf输出与零页。我没有看到什么是错的。

pdf(file = snakemake@output[['GeneLabel']], onefile=FALSE)
vec<- c("DKC1", "NOP10", "WRAP53", "POT1", "PARN")
for(i in vec){
  FeaturePlot(cts.seurat.obj, features = c(i))
}
dev.off()
graphics.off()

来源：https://stackoverflow.com/questions/75677640/empty-pdf-with-for-loop

1条答案

按热度按时间

t2a7ltrp1#

不确定，但试试这个：

pdf(file = snakemake@output[['GeneLabel']], onefile=FALSE)
vec<- c("DKC1", "NOP10", "WRAP53", "POT1", "PARN")
for(i in vec){
  gg <- FeaturePlot(cts.seurat.obj, features = c(i))
  print(gg)
}
dev.off()
graphics.off()

我也不确定是否需要在FeaturePlot中设置combine=FALSE
正如约翰·波罗所指出的，你应该给予更多关于你正在做的事情的细节和一个可重复的例子。

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