2015年6月更新，6年后：
如“git mergetool winmerge“中所详述的，一个简单的git config diff.tool winmerge就足够了。
Git 2.5+（Q2，2015）现在已经意识到Winmerge是一个比较或合并工具！
原始答复（2009-2012年）
（管理系统文件，1.6.5，DOS会话）
第一部分（使用winmerge）在“如何使用visual diff程序查看'git diff'输出？”中有描述。

C:\myGitRepo>git config --replace --global diff.tool winmerge
C:\myGitRepo>git config --replace --global difftool.winmerge.cmd "winmerge.sh \"$LOCAL\" \"$REMOTE\""
C:\myGitRepo>git config --replace --global difftool.prompt false

winmerge.sh存储在PATH的目录部分：

#!/bin/sh
echo Launching WinMergeU.exe: $1 $2
"$PROGRAMFILES/WinMerge/WinMergeU.exe" -e -u -dl "Local" -dr "Remote" "$1" "$2"

(see WinMerge Command-line options）

git difftool

现在将启动WinMerge。
如果希望git diff启动WinMerge，只需设置：

set GIT_EXTERNAL_DIFF=winmerge.sh

但真实的的附加值来自于使用同一个diff工具在一个批次中**显示所有差异的能力，而不是按顺序显示它们，迫使您一次关闭一个文件的diff工具窗口。

2012年6月更新（两年半后）：

比较目录而不是逐个文件很快将可用：
参见[ANNOUNCE] Git 1.7.11.rc1：
“git difftool“学习了“--dir-diff“选项以生成外部diff工具，该工具可以在填充两个临时目录后一次比较两个目录层次结构，而不是为每个文件对运行一次外部工具的示例。
有关详细信息，请参见“Patch difftool : teach difftool to handle directory diffs"和答案“Directory comparison of Git branches“。
按目录的原始difftool脚本（2009年12月）
正如Seba Illingworth在他的回答中提到的，脚本git-diffall.sh（也放在路径中）可以做到这一点：

#!/bin/sh
git diff --name-only "$@" | while read filename; do
    git difftool "$@" --no-prompt "$filename" &
done

但这只有在为 n 个文件打开 n 个窗口的情况下才有效（如果您尝试使用WinMerge的-s选项，它将不起作用，因为difftool过早删除了临时文件）
这就是为什么我喜欢GitDiff.bat - power-diffing with GI的方法，它允许您在选择一个文件来检查其内部差异之前，查看具有差异的文件列表。
我已经调整它只使用DOS命令

@echo off

setlocal

if "%1" == "-?" (
    echo GitDiff - enables diffing of file lists, instead of having to serially
    echo diff files without being able to go back to a previous file.
    echo Command-line options are passed through to git diff.
    echo If GIT_FOLDER_DIFF is set, it is used to diff the file lists. Default is windff.
    goto END
)

if "%GIT_DIFF_COPY_FILES%"=="" (
    rd /s /q %TEMP%\GitDiff
    mkdir %TEMP%\GitDiff
    mkdir %TEMP%\GitDiff\old
    mkdir %TEMP%\GitDiff\new

    REM This batch file will be called by git diff. This env var indicates whether it is
    REM being called directly, or inside git diff
    set GIT_DIFF_COPY_FILES=1

    set GIT_DIFF_OLD_FILES=%TEMP%\GitDiff\old
    set GIT_DIFF_NEW_FILES=%TEMP%\GitDiff\new

    set GIT_EXTERNAL_DIFF=%~dp0\GitDiff.bat
    echo Please wait and press q when you see "(END)" printed in reverse color...
    call git diff %*

    if defined GIT_FOLDER_DIFF (
        REM This command using GIT_FOLDER_DIFF just does not work for some reason.
        %GIT_FOLDER_DIFF% %TEMP%\GitDiff\old %TEMP%\GitDiff\new
        goto END
    )

    if exist "%ProgramFiles%\Beyond Compare 2\BC2.exe" (
        set GIT_FOLDER_DIFF="%ProgramFiles%\Beyond Compare 2\BC2.exe"
        "%ProgramFiles%\Beyond Compare 2\BC2.exe" %TEMP%\GitDiff\old %TEMP%\GitDiff\new
        goto END
    )

    "%ProgramFiles(x86)%\WinMerge\WinMergeU.exe" -r -e -dl "Local" -dr "Remote"  %TEMP%\GitDiff\old %TEMP%\GitDiff\new
    goto END
)

REM diff is called by git with 7 parameters:
REM     path old-file old-hex old-mode new-file new-hex new-mode
copy %TEMP%\%~nx2 %GIT_DIFF_OLD_FILES%\%1
copy %5 %GIT_DIFF_NEW_FILES%

:END

它不够健壮，无法处理不同目录中同名的文件，但它让您大致了解了可能的情况：
这里只会打开一个WinMerge，其中包含有内部差异的文件列表。你可以点击你想检查的文件，然后按一个简单的ESC键就可以关闭所有WinMerge-diff会话。

我在两个地方使用第一部分时遇到了问题，并按如下方式进行了修复
1.第二个用于设置winmerge.cmd的命令要求在cmdline上有一个额外的斜杠（在$LOCAL和$REMOTE之前），否则cygwin将替换cmdline中的变量

C:\myGitRepo>git config --replace --global difftool.winmerge.cmd "winmerge.sh \"\$LOCAL\" \"\$REMOTE\""

1.已将winmerge.sh文件更改为（如果没有此文件，则会出现“正确路径无效”错误）

#!/bin/sh
echo Launching WinMergeU.exe: "$(cygpath -aw "$1")" "$(cygpath -aw "$2")"
"$PROGRAMFILES/WinMerge/WinMergeU.exe" -e -ub -dl "Base" -dr "Mine" "$(cygpath -aw "$1")" "$(cygpath -aw "$2")"

我有一个脚本可以在Git配置文件中设置比较和合并工具，并带有适当的参数，而不需要单独的.sh文件。它看起来对我来说工作得很好。

git config --global diff.tool winmerge
git config --global difftool.prompt false
git config --global difftool.winmerge.cmd "\"\$PROGRAMFILES\"/WinMerge/WinMergeU.exe -r -u -e -dl \"Local\" -dr \"Remote\" \"\$LOCAL\" \"\$REMOTE\""

git config --global merge.tool winmerge
git config --global mergetool.prompt false
git config --global mergetool.winmerge.trustExitCode true
git config --global mergetool.winmerge.cmd "\"\$PROGRAMFILES\"/WinMerge/WinMergeU.exe -r -u -e -dl \"Local\" -dr \"Remote\" \"\$LOCAL\" \"\$REMOTE\" \"\$BASE\" \"\$MERGED\""

注意-整个.cmd部分都用引号括起来，以便参数正确列在.gitconfig中

未配置：

git difftool --tool winmerge

假设：

• Winmerge已安装
• Git for windows从“git version 2.12.0.windows1”或更高版本开始安装（尽管早期版本的git可能已经引入了该命令）。

如果出现以下错误

The diff tool winmerge is not available as 'WinMergeU.exe'

您必须验证.gitconfig中winmerge的路径是否正确。

[difftool "winmerge"]
    cmd = "'C:/Program Files (x86)/WinMerge/WinMergeU.exe' -e $LOCAL $REMOTE"

由于线程变得混乱和分叉，下面是msysgit Git Windows目录列表“--dir-diff”WinMerge方法的合并说明。

步骤1-winmerge.sh在您的路径（例如/home/bin/winmerge.sh）可访问的位置创建一个名为www.example.com的文件，其中包含以下内容。

#!/bin/sh
echo Launching WinMergeU.exe: $1 $2
"$PROGRAMFILES/WinMerge/WinMergeU.exe" -r -ub -dl "Remote" -dr "Local" "$1" "$2"

步骤2-在Git Bash中输入以下命令，命令git使用winmerge.sh作为difftool（这些选项存储在/home/.gitconfig中）：

git config --replace --global diff.tool winmerge
git config --replace --global difftool.winmerge.cmd "winmerge.sh \"$LOCAL\" \"$REMOTE\""
git config --replace --global difftool.prompt false

第3步-现在你可以在Git Bash中输入以下命令来启动WinMerge diff：

git difftool --dir-diff

第4步-为了更快地访问，请通过将此行添加到主文件夹中的.bashrc来创建此命令的别名（如果文件不存在，则使用此行创建.bashrc文件）：

alias diffdir='git difftool --dir-diff'

第5步-现在只需在Git Bash中键入以下命令，就可以快速查看WinMerge中的差异

diffdir

在Windows上，您可以这样做：
1)打开.gitconfig文件，它位于你的主目录：c：\用户\用户名.gitconfig
2)添加下面的行。注意winmerge路径两边的单引号：

[diff]
    tool = winmerge
[difftool "winmerge"]
    cmd = "'C:/Program Files (x86)/WinMerge/WinMergeU.exe'" -e "$LOCAL" "$REMOTE"
[difftool]
    prompt = false
[merge]
    tool = winmerge
[mergetool "winmerge"]
    cmd = "'C:/Program Files (x86)/WinMerge/WinMergeU.exe'" \"$MERGED\" \"$REMOTE\"
[mergetool]
    keepBackup = false
    trustExitCode = false

我可以在这里看到很多冗长而令人困惑的答案，所以在windows10上发布2021年对我有效的简化和最小版本

git config diff.tool winmerge
 git config --replace --global difftool.prompt false

我很困惑为什么解决方案以DOS批处理文件的形式出现，因为我的Git安装附带了一个bash shell，我也无法从bash获得DOS上下文，所以我尝试修改以前在bash上下文中共享的内容。
由于git diff似乎对每个文件运行一次指定的命令，因此我将解决方案拆分为两个bash脚本：
首先，将gitprepdiff.sh配置为前面提到的difftool

#!/bin/sh
#echo ...gitprepdiff.sh
cp -v $1 "$TMP/GitDiff/old/$2"
cp -v $2 "$TMP/GitDiff/new"

我还注意到，可以在C:\Users\<username>\.gitconfigure中直接找到和编辑git configure命令的结果
然后在命令行中运行gitdiff.sh，您通常会在命令行中调用git diff

#!/bin/sh
#echo Running gitdiff.sh...

DIFFTEMP=$TMP/GitDiff

echo Deleting and re-creating $DIFFTEMP...
rm -rf $DIFFTEMP;
mkdir $DIFFTEMP;

echo Creating $DIFFTEMP/old...
mkdir $DIFFTEMP/old;

echo Creating $DIFFTEMP/new...
mkdir $DIFFTEMP/new;

git diff --name-only "$@" | while read filename; do
    git difftool "$@" --no-prompt "$filename";
done

"$PROGRAMFILES\WinMerge\WinMergeU.exe" -r -e -dl "Repository" -dr "Working" $LOCALAPPDATA\\Temp\\1\\GitDiff\\old $LOCALAPPDATA\\Temp\\1\\GitDiff\\new

另外值得注意的是，在我的安装中，/tmp（在bash中）Map到%LOCALAPPDATA%\Temp\1\（在Windows中），所以这就是为什么我在调用WinMerge时使用后者。

git config --global diff.tool winmerge
git config --global difftool.winmerge.cmd "\"$PROGRAMFILES\\WinMerge\\WinMergeU.exe\" -u -dl \"Local\" -dr \"Remote\" \"\$LOCAL\" \"\$REMOTE\""
git config --global difftool.prompt false

根据WinMerge command line manual：“参数前缀为正斜杠（/）或破折号（-）字符”