对于第一个问题。是的，您可以在同一个java文件中创建不同的类，编译java文件后，将为您定义的每个类创建单独的.class文件。
我想提一下你可以用任何名字保存你的java文件然后编译它.但是如果任何类被声明为公共的（如上面的例子公共类文件名）那么java文件应该和公共类有相同的名字.
如果不这样做，您将得到编译时错误消息：* 类文件名是公共的，应在名为*文件名的文件中声明。
希望这对你有一点帮助...

一个类一个文件，无一例外，这将保存大量的时间时，维护产品的未来.

class SimpleCircle {
    // be private - accessible only inside class
    // be final - assign only in constructor
    private final double radius;

    SimpleCircle(double newRadius) {
        radius = newRadius;
    }

    double area() {
        return radius * radius * Math.PI;
    }

    double perimeter() {
        return 2 * radius * Math.PI;
    }
}

尽量避免使用带有无用赋值的构造函数（如果你使用不带参数的构造函数，那么默认值radius=1是什么意思）。2尽量避免通过设置函数改变类的状态。3创建带有新状态（半径）的新对象。
尝试调用方法名词，反映返回的实体
尝试命名void方法动词，以反映对象的行为。
现在说说扫描仪。
尝试使用此想法/模板

public class MyClass {
    private final Scanner scanner;

    public MyClass(Scanner scanner) {
        this.scanner = scanner;
    }

    public void any_work() {
        ...
        int readed = scanner.nextInt();
        ...
    }
}

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        ...
        MyClass myClass = new MyClass(new Scanner(System.in));
        ...
        myClass.any_work();
        ...
    }
}

当您在单独的类中创建变量时，它们是否以某种方式连接到main（）方法中的同名变量或不同的类中？
只有一种方式。通过方法或构造函数参数。请参阅前面的Main/MyClass代码。

您是在单独的.java文件中创建单独的类和程序本身，还是在同一个 * 中创建？
Every class in Java should be in its own file，但是您可以在一个文件中创建多个类。例如

class A{
    public A(){
        System.out.println("A created");
    }
}

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        A x = new A();
    }
}

你能在单独的类中使用Scanner吗？还是应该在main（）方法中使用它？如果可以，怎么做？
这取决于你的应用程序。许多人喜欢尽可能的组织和分离，所以最好的建议是把它放在自己的类中。但是对于非常简单的例子和应用程序，我只是把它放在main()方法中，或者如果我只想在任何方法中使用一次。Scanner是一个独立的类，所以如果你创建另一个类只是为了单独 Package 它，那真的不值得。
您可以将Scanner创建为任何类的成员变量，如果有一些方法要与它一起使用，则可以使用它。
这些只是一些想法，完全取决于您的设计、应用行为和个人推荐
至于怎么做，这里有一个例子

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        System.out.println("Enter a number");
        int number = sc.nextInt();
        System.out.println("You entered number " + number);
    }
}

假设你必须在main（）方法中使用Scanner，并且你声明了一个新的变量input并初始化为Scanner input，你会如何将它设置为单独类中的变量之一？你会创建一个新对象并做...
是的，我会创建这个类的新对象并用输入值初始化它的成员。或者我把扫描器放在类中，询问用构造函数创建的每个对象的半径。有很多不同的方法，没有对与错。只是尽可能避免重复和依赖。
下面是您的代码编辑与这样做的例子

import java.util.Scanner;

public class TestSimpleCircle {
    public static void main(String[] args) {

        System.out.println("Enter radius of your choice please");
        Scanner sc = new Scanner(System.in);

        SimpleCircle circle1 = new SimpleCircle(sc.nextInt()); // taking the radius as input

        System.out.println("The area of the circle of radius " + circle1.radius + " is " + circle1.getArea());

        // Create a circle with radius 25
        SimpleCircle circle2 = new SimpleCircle(25);
        System.out.println("The area of the circle of radius " + circle2.radius + " is " + circle2.getArea());

        // Create a circle with radius 125
        SimpleCircle circle3 = new SimpleCircle(125);
        System.out.println("The area of the circle of radius " + circle3.radius + " is " + circle3.getArea());

        // Modify circle radius
        circle2.radius = 100;
        System.out.println("The area of the circle of radius " + circle2.radius + " is " + circle2.getArea());

    }
}

class SimpleCircle {
    double radius;

    SimpleCircle() {
        radius = 1;
    }

    SimpleCircle(double newRadius) {
        radius = newRadius;
    }

    double getArea() {
        return radius * radius * Math.PI;
    }

    double getPerimeter() {
        return 2 * radius * Math.PI;
    }

    void setRadius(double newRadius) {
        radius = newRadius;
    }
}

扫描器就像任何其他对象一样，可以通过引用传递到另一个方法/类中，并且仍然可以使用。
也可以创建和使用scanner类的不同示例。
你可以在任何你需要的类中使用Scanner。如果你创建了一个新的对象示例，它将不会与其他示例连接。这个问题并不是Scanner特有的，而是一般的java对象。