num.bit_length() + 7) // 8是4，而不是5。如果不是40位（5字节）的倍数，则b32hexencode用=填充其结果，并且这些位被移位。

>>> base64.b32hexencode (bytes([1,2,3,4]))
b'0410610='
>>> base64.b32hexencode (bytes([1,2,3,4,5]))
b'04106105'

使用(num.bit_length() + 39) // 40 * 5以5字节的倍数计算needed_bytes，然后去掉前导零以正确使用base64.b32hexencode()：

import base64
num = 1_000_000_000

def convert(n):
    if n == 0:  # b32hexencode() return '=====' for zero, so special handling
        return '0'
    num_bytes = (n.bit_length() + 39) // 40 * 5
    needed_bytes = n.to_bytes(num_bytes, byteorder='big')
    result = base64.b32hexencode(needed_bytes).lstrip(b'0')
    return result.decode() # bytes -> str

def display(n):
    result = convert(n)
    verify = int(result, 32)
    print(f'{result:>9} {verify:17,}')
    
display(num)
for i in range(9):
    n = 2**(i * 5)
    display(n - 1)
    display(n)

输出测试OP值，并滚动每个5位二进制值：

TPLIG0     1,000,000,000
        0                 0
        1                 1
        V                31
       10                32
       VV             1,023
      100             1,024
      VVV            32,767
     1000            32,768
     VVVV         1,048,575
    10000         1,048,576
    VVVVV        33,554,431
   100000        33,554,432
   VVVVVV     1,073,741,823
  1000000     1,073,741,824
  VVVVVVV    34,359,738,367
 10000000    34,359,738,368
 VVVVVVVV 1,099,511,627,775
100000000 1,099,511,627,776

您实际上是在尝试将十进制基数转换为base32，我认为base64不适合这种情况。
从一个基数到另一个基数的转换在其他SO答案中已经涉及（例如，参见here），在您的情况下，您可以实现以下函数：

def base10to32(n,symbols="0123456789ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUV"):
    return (base10to32(n//32)+symbols[n%32]).lstrip("0") if n>0 else "0"

base10to32(1000000000)

或者，如果您更喜欢使用现有的模块，numpy可以处理这种类型的转换：

import numpy as np
np.base_repr(1000000000, 32)

输出：

TPLIG0