df %>%
   mutate(Sequ_0 = dense_rank(NA^is.na(Q)*consecutive_id(Sequ)))

   ID Sequ    Q Sequ_0
1   1   NA <NA>     NA
2   2   44   q1      1
3   3   44   q1      1
4   4   NA <NA>     NA
5   5   NA <NA>     NA
6   6   33   q2      2
7   7   33   q2      2
8   8   33   q2      2
9   9    5   q2      3
10 10    5   q2      3

df %>%
   mutate(Sequ_0 = dense_rank(`is.na<-`(consecutive_id(Sequ), is.na(Q))))

还有：

df %>%
  mutate(Sequ_0 =  replace(Q, !is.na(Q), consecutive_id(na.omit(Sequ))))

使用 consecutive_id 获取id，然后排除NA，转换为因子，然后再转换回数值以获得序列号：

library(dplyr) # dplyr_1.1.0 - consecutive_id

df %>% 
  mutate(id = as.numeric(as.factor(
    if_else(is.na(Sequ), NA, consecutive_id(Sequ)))))
#    ID Sequ    Q id
# 1   1   NA <NA> NA
# 2   2   44   q1  1
# 3   3   44   q1  1
# 4   4   NA <NA> NA
# 5   5   NA <NA> NA
# 6   6   33   q2  2
# 7   7   33   q2  2
# 8   8   33   q2  2
# 9   9    5   q2  3
# 10 10    5   q2  3

下面是将arrange与consecutive_id一起使用的另一个选项：

library(dplyr) #dplyr >= 1.1.0
df %>% 
  arrange(Q) %>% 
  mutate(Sequ_0 =  consecutive_id(Sequ),
         Sequ_0 = ifelse(is.na(Sequ), NA_real_, Sequ_0)) %>% 
  arrange(ID)

   ID Sequ    Q Sequ_0
1   1   NA <NA>     NA
2   2   44   q1      1
3   3   44   q1      1
4   4   NA <NA>     NA
5   5   NA <NA>     NA
6   6   33   q2      2
7   7   33   q2      2
8   8   33   q2      2
9   9    5   q2      3
10 10    5   q2      3

可以选择将match与unique一起使用来创建如下ID：

library(tidyverse)
df %>%
  left_join(., df %>%
              drop_na() %>%
              mutate(Sequ_0 = match(Sequ, unique(Sequ))))
#> Joining with `by = join_by(ID, Sequ, Q)`
#>    ID Sequ    Q Sequ_0
#> 1   1   NA <NA>     NA
#> 2   2   44   q1      1
#> 3   3   44   q1      1
#> 4   4   NA <NA>     NA
#> 5   5   NA <NA>     NA
#> 6   6   33   q2      2
#> 7   7   33   q2      2
#> 8   8   33   q2      2
#> 9   9    5   q2      3
#> 10 10    5   q2      3

创建于2023年3月9日，使用reprex v2.0.2

以R为基：

transform(df, seq0 = with(rle(Sequ), 
          rep(`[<-`(values, !is.na(values), seq(na.omit(values))), lengths)))

   ID Sequ    Q seq0
1   1   NA <NA>   NA
2   2   44   q1    1
3   3   44   q1    1
4   4   NA <NA>   NA
5   5   NA <NA>   NA
6   6   33   q2    2
7   7   33   q2    2
8   8   33   q2    2
9   9    5   q2    3
10 10    5   q2    3

回到基础：

a <- rle(df$Sequ)
a$values[!is.na(a$values)] <- seq_along(na.omit(a$values))
cbind(df, sequ_0 = inverse.rle(a))

   ID Sequ    Q sequ_0
1   1   NA <NA>     NA
2   2   44   q1      1
3   3   44   q1      1
4   4   NA <NA>     NA
5   5   NA <NA>     NA
6   6   33   q2      2
7   7   33   q2      2
8   8   33   q2      2
9   9    5   q2      3
10 10    5   q2      3