Go1.5将在Encoding上有一个WithPadding选项。
这也将添加2个预定义编码RawStdEncoding和RawURLEncoding，它们将没有填充。
虽然你使用的是应用引擎，暂时还不能访问Go1.5，但你可以根据需要创建一些帮助函数来添加和删除填充。
下面是一个编码和解码字符串的例子。如果需要，可以很容易地使用[]byte对其进行修改，使其工作效率更高。

func base64EncodeStripped(s string) string {
    encoded := base64.StdEncoding.EncodeToString([]byte(s))
    return strings.TrimRight(encoded, "=")
}

func base64DecodeStripped(s string) (string, error) {
    if i := len(s) % 4; i != 0 {
        s += strings.Repeat("=", 4-i)
    }
    decoded, err := base64.StdEncoding.DecodeString(s)
    return string(decoded), err
}

简单地说，
使用base64.RawStdEncoding.EncodeToString代替base64.StdEncoding.EncodeToString
否则
使用base64.RawURLEncoding.EncodeToString代替base64.URLEncoding.EncodeToString。
参考：参见源代码注解第94至110行：

// RawURLEncoding is the unpadded alternate base64 encoding defined in RFC 4648.
// It is typically used in URLs and file names.
// This is the same as URLEncoding but omits padding characters.

编码：

str := "encode this"
encodedStr := base64.StdEncoding.
    WithPadding(base64.NoPadding).
    EncodeToString([]byte(str))

fmt.Println(encodedStr)

解码：

data, err := base64.
    StdEncoding.WithPadding(base64.NoPadding).
    DecodeString(encodedStr)

if err != nil {
    fmt.Println(err)
}

fmt.Println(string(data))

去Playground：https://go.dev/play/p/TAZgLMSSe-K