简短说明

read -d需要一个参数，该参数的第一个字符是记录分隔符--读取记录的字符将被认为是完整的。它将-r作为该参数，因此将-r中的-视为停止阅读的字符。
只要不使用-d参数，除非您知道为什么要使用它。

阅读输入，直到EOF或NUL字节

如果您的意图是告诉read继续运行，直到EOF或NUL，那么将''作为-d后面的参数传递;因此：

IFS=, read -d '' -r -a rows <vars.txt

但是要注意，除非vars.txt以文本NUL字符结尾，否则它将以非零状态退出。

这不是read的工作，使用jq之类的JSON解析器来提取值，使用readarray来填充shell数组。

$ readarray -t rows < <(jq -r '.[].value' vars.txt)
$ declare -p rows
declare -a rows=([0]="abc" [1]="abc-de")

（假设你使用的是bash的半现代版本，如果你使用的是macOS自带的化石版本，请安装最新版本，并首选使用该版本。